[1]​ Fue hijo del capitán sueco Juan Joaquín Thompson y de Manuela Porto-Mariño.

Para esta labor, Thomson junto a 16 hombres de la dotación del buque Esmeralda, entre los que se encontraban los guardiamarinas Javier Barahona, a cargo de la exploración del río Vergara; Luis Castillo, a cargo de explorar el río Duqueco; Emilio Valverde, a cargo de explorar el río Bureo y Luis Pomar con quien explora el Río Biobío desde su nacimiento.

Hizo el viaje al Callao con el contralmirante Juan Williams Rebolledo y después a Panamá en el «Amazonas».

Una vez capturado el monitor «Huascar» en el combate naval de Angamos se le dio su mando.

En ese puesto se encontró en Arica, el 27 de febrero de 1880, Thomson decide dar una pasada provocativa frente a los fuertes peruanos exhibiendo al Huáscar con una enorme bandera chilena y entonces fue cuando recibió fuego de las baterías emplazadas en la ciudad, del morro y provocó la salida desde su posición fija al viejo monitor fluvial «Manco Cápac».

Después Thomson en un alarde de arrojo decide realizar un segundo ataque a la plaza, resolviendo detener a cañonazos un transporte militar ferroviario y de pasada espolonear al Monitor Manco Capac al mando del infamado capitán Juan Guillermo More Ruiz que buscaba desesperado pagar con su vida el desastre de Punta Gruesa, el monitor fluvial formaba parte de las defensas y ocasionalmente salía del puerto.