Federico nació del matrimonio del duque de Calabria Ferrante d'Aragona y su primera esposa Isabel de Chiaromonte, quienes por aquellas fechas tenían ya dos hijos (Alfonso y Eleonora) y después tendrían otros tres (Giovanni, Beatrice y Francesco).Federico fue educado en la corte napolitana bajo la tutela sucesiva de Andrea de Castelforte, Baldassarre Offeriano y Elisio Calenzio, aunque durante estos años también tuvo relación con Antonio Beccadelli, Giovanni Pontano, Giovanni Albino, Francesco Griffolini, Lorenzo Bonincontri o Diomede Carafa, que se encargaban de la educación de sus hermanos.A su paso por Roma el papa Paulo II le agasajó con la Rosa de Oro en reconocimiento por la lucha de Nápoles contra los turcos; en Florencia Piero de Médici evitó su encuentro para no tener que tratar sobre el regreso de los desterrados tras la conspiración de Luca Pitti; en Bolonia fue honorablemente acogido por Giovanni Bentivoglio, y llegado a Milán acompañó a la novia hasta Pavía, donde se celebró la boda por poderes antes de su regreso.En 1500 el rey Luis XII de Francia, quien reclamaba sus derechos sobre el trono napolitano que ya había pretendido su predecesor Carlos VIII, pactó con el rey Fernando II de Aragón el tratado de Granada, por el que los firmantes acordaban la ocupación militar del reino, que quedaría repartido entre ambos.Agotado militar y económicamente el reino tras la Primera Guerra de Italia, Federico I no pudo hacer frente a ambos contendientes, y en 1501, en el transcurso de la segunda guerra de Nápoles fue depuesto, relegado a Ischia y posteriormente conducido a Francia como prisionero.
