En 1886 se abolieron los estados y Colombia fue dividida en departamentos, con el mismo territorio de las entidades precedentes.
En preparación a la creación de otros estados federales, en abril se suprimieron las de Medellín, Córdova, Santander, García Rovira, Soto, Cundinamarca, Zipaquirá y Tequendama.
La República comprendía además los llamados Territorios Nacionales, regiones que no podían ser controladas por los Estados Soberanos y eran encomendadas al gobierno federal para su administración.
Los territorios eran:[8][9] Durante el breve periodo comprendido entre 1861 y 1864 la capital de la Unión (Bogotá) se constituyó en Distrito Federal siendo su territorio escindido del Estado Soberano de Cundinarmarca.
Existió entre mayo de 1860 y agosto del mismo año.