[3]​ El territorio comprendía todo el suroriente de la actual Colombia.

Limitaba con los estados colombianos del Tolima, Cauca y Cundinamarca, junto con las naciones fronterizas del Ecuador, Venezuela y Brasil, abarcando así los actuales departamentos del Guainía, Vaupés, Guaviare, Caquetá, Putumayo y Amazonas[1]​ en territorio colombiano, la provincia de Sucumbíos en Ecuador, una parte del estado Amazonas, en Venezuela, el norte del departamento de Loreto en Perú y parte del estado Amazonas, en Brasil.

Aunque jurisdiccionalmente pertenecía al Estado Soberano del Cauca, su administración estaba a cargo del gobierno federal, el cual nombraba a un prefecto para la dirección de este territorio.

Entre sus funciones, el prefecto del Caquetá desde la capital Mocoa debía fomentar el poblamiento de las poblaciones ya existentes en el área (Mocoa, Sibundoy, San Diego, San Miguel, Aguarico, Yunguillo y Pacayaco), dar amparo a los misioneros, esforzarse para que los indígenas vivieran en poblaciones fijas (para lo cual era indispensable aprender los idiomas nativos), y vigilar las fronteras del territorio con los países vecinos.

Durante su existencia, el territorio cambió varias veces de estatus político, así como de jurisdicción:[1]​ A partir de 1905 el antes gran territorio del Caquetá es subdividido en otros más pequeños: