Esta entidad fue creada en varios momentos de la historia colombiana: primero en 1910 por medio del decreto 1131 del 15 de diciembre de dicho año, que la segregó del antiguo territorio del Caquetá con el nombre de Comisaría Especial[1]​ y con un territorio similar al que hoy corresponde a los departamentos del Vaupés, Guainía y Guaviare (por lo cual se le denominó Gran Vaupés),[2]​ abarcando aproximadamente 179.833 km², siendo una de los más extensas divisiones territoriales que han existido en el país; en ese entonces tenía como capital la población de Calamar.

Esta entidad fue creada en 1910 a causa de la fuerte rivalidad entre los caucheros colombianos y brasileros para monopolizar la mano de obra para la explotación del caucho, que se empleaba principalmente en el Alto Río Negro y en el Apaporis.

[3]​ Para consolidar la soberanía de Colombia sobre la región, el comisario creó en 1912 cuatro corregimientos: San José, Calamar del Vaupés, Urania y Helvecia.

Finalmente en 1991 se elevó al Vaupés a la categoría de departamento.

), Carurú (1.324), Miraflores (1.879), Pacoa (960), San José del Guaviare (1.071) y Yavaraté (1.963).