En su historia territorial, a él integraron los departamentos de Guainía y Guaviare hasta su secesión en 1977.
[6] El actual territorio del departamento estaba habitado en la época precolombina por numerosos grupos indígenas, muchos de los cuales, gracias al hábitat selvático, sobreviven a los embates de la occidentalización; entre ellos, son los más numerosos los cubeos, desanos, guananos y tukanos, del grupo lingüístico Tukano.
Un siglo más tarde llegan las primeras misiones jesuitas (1657) y los carmelitas (1695), provenientes de Brasil.
Entre 1969 y 1970, la resistencia indígena apoyada por los misioneros logró expulsar los remanentes de explotación cauchera.
Al estar ubicado en la selva amazónica, el Vaupés carece de vías terrestres para su comunicación y solo es posible llegar hasta su capital por vía fluvial (especialmente por el río Vaupés) o aérea, contando así pequeños aeródromos en varias de sus comunidades o poblados indígenas, que le permiten la conexión con Mitú, y desde allí con Bogotá u otras regiones.
El gobierno planea incentivar la repoblación del departamento ofreciendo créditos para pequeños empresarios y ganaderos.
[cita requerida] El departamento está regado por un sinnúmero de ríos, todos ellos pertenecientes a la gran cuenca amazónica.
También bañan la región los ríos Papunaua, Suruby Suruí, Querarí, Cuduyarí, Pacoa, Taraira o Traira, Isana, Cananarí, Pacoa, Papurí, Pira Paraná, Tiquíe, Apaporis, Mambú y Ujca o Vica; las quebradas Jotabeyá, Cotudo, Inambú, y los caños Carurú, Lindala, Tatú, Colorado, Comeyacá, Tí, Tuí, Cubiyú, Paraná Pichuna, Alsacia, Chontaduro, Macú, Cuyucuyu, Aceite, Bacatí, Arara, Guiramiri y Umarí.
[8] En cuanto a la producción artesanal, la principal es la cestería, actividad realizada por la población indígena y luego comercializada en el municipio de Mitú y el centro poblado Monfort, en la área no municipalizada de Yavaraté.