La comisaría del Putumayo fue una antigua entidad territorial de Colombia que correspondía a los hoy departamentos del Putumayo y Amazonas, ubicados al sur del país, la provincia de Sucumbíos en Ecuador, parte del departamento de Loreto en Perú (concretamente la actual provincia de Putumayo) y del Estado Amazonas en Brasil.
[2][3] El territorio del Putumayo fue objeto de sucesivas modificaciones en su configuración territorial.
En 1912 fue recreado por medio del Decreto 320 a partir de los territorios que habían sido incorporados a los departamentos de Cauca y Nariño; en 1920 sus límites son ajustados a través del Decreto 82, pero debido a la redefinición de la frontera entre Colombia y Perú en 1928 se señalaron nuevas delimitaciones para las comisarías del Caquetá y del Putumayo, y creándose además la del Amazonas a partir de los territorios más orientales de estas dos.
El decreto 131 de 1957 restableció la comisaría del Putumayo con el territorio que el actual departamento homónimo ostenta, y con la ley 72 del 26 de diciembre de 1968 se creó la intendencia del Putumayo la cual heredó el territorio perteneciente a la hasta entonces comisaría.
[2][4] La comisaría del Putumayo estaba conformada por los siguientes municipios, de acuerdo al censo del año 1964:[1] Mocoa (13.059 hab.