[2]​[3]​ En 1906 la intendencia desapareció por medio del decreto 290 y su territorio fue incorporado a los departamentos de Cauca y Nariño.

De tal modo, el Caquetá comenzó su vida jurídica (1905) con los siguientes límites:[2]​ Abarcando así la parte norte del antiguo territorio del Caquetá; la capital de esta región era Florencia.

Tras ser delimitadas la fronteras con el Brasil (1907) y el Perú (1922) y las segregaciones de las comisarías del Vaupés (1910) y del Amazonas (1928) adquirió la configuración territorial actual, cuyos límites quedaron definidos en la ley 78 del 15 de diciembre de 1981:[2]​ Para 1912 la intendencia contaba con un único municipio, la capital Florencia (erigido como tal en 1912), y cuatro corregimientos: Yarí, Tres Esquinas, San Vicente del Caguán y Puerto Rico.

En 1967, mediante el decreto 1978, se elevaron a la categoría de municipio los corregimientos El Paujil, El Doncello y Puerto Rico.

[3]​ Ya para 1968, la intendencia tenía por municipios a Florencia (30.455 hab.