La Montañita tiene bajo su jurisdicción los siguientes Centros poblados: En la época precolombina, el territorio del actual municipio de La Montañita estuvo habitado por la tribu indígena Moruimuiname, pertenecientes al pueblo Uitoto.
En 1909, el cauchero Apolinar Cuellar construyó un asentamiento en las inmediaciones de la quebrada La Niña.
Posteriormente llegaron los señores Miguel Adaime, Oliverio España, Luis Felipe Vargas, Francisco Jaramillo, Emilio Tamayo y Gregorio Muñoz, quienes fundaron las primeras fincas.
El primer alcalde municipal fue el sargento primero don Nicolás González B.
[4] Fue afectado por el Conflicto armado interno de Colombia, en el municipio se encontraba el Frente 15 de las FARC-EP, que se enfrentó al Ejército Nacional y paramilitares.