La sede de la diócesis tuvo varios emplazamientos: Leal (hoy Lihula), Vana-Pärnu (Pärnu antigua), Haapsalu y finalmente el castillo de Kuressaare en la isla Saaremaa.Se mantuvo allí la sede hasta 1251, cuando el obispo Heinrich fundó Vana-Pärnu, y construyó allí la Catedral de Jesucristo, la Virgen María y Juan Evangelista.El obispo fue hecho prisionero y la iglesia de Leal fue destruida.Luego los territorios capturados fueron devueltos a la diócesis tras la intervención de los representantes papales en 1302.A partir del siglo XIV la residencia del obispo estuvo ubicada alternativamente en Haapsalu y en Kuressaare, en donde se encuentra el Castillo episcopal de Kuressaare.A principios de agosto Suecia conquistó Haapsalu y en septiembre toda Hiiumaa.En 1570 Magnus viajó a Rusia y se pasó al Imperio ruso, pero fracasó en su intento de conquistar Livonia.En 1573 el rey danés incorporó Ösel a sus dominios y el obispado dejó formalmente de existir.