El departamento al momento de su creación (1857) estaba dividido en los distritos de Zipaquirá (capital), Cogua, Tausa, Sutatausa, Nemocón, Gachancipá, Tocancipá, Sopó, Cajicá, Chía, Cota, Tenjo, Tabio, Subachoque, Vega, Vergara, Pacho y Peñón.
[2] Tras la incorporación del departamento de Chocontá en 1860, el departamento consistía en los distritos de Zipaquirá (capital), Cajicá, Cogua, Cota, Chía, Gachancipá, Nemocón, Pacho, Peñón, Sopó, Tabio, Tausa, Tocancipá, Vergara, Carupa, Cucunubá, Chocontá, Fúquene, Guachetá, Hatoviejo, Lenguazaque, Machetá, Manta, Paime, Sesquilé, Simijaca, Suesca, Suta, Sutatausa, Tibirita y Ubaté.
[2] En 1862 se volvieron a reorganizar las divisiones administrativas del Estado Soberano de Cundinamarca y el departamento quedó conformado por los distritos de Zipaquirá (capital), Cajicá, Cogua, Chía, Gachancipá, Nemocón, Tabio, Tocancipá, Tausa, Pacho, Peñón, Palma, Peña, Topaipí, Caparrapí y Yacopí.
[2] En 1865 se le añadieron los distritos de Guatavita, Guasca, La Calera y Usaquén.
[2] En 1876 el departamento comprendía los distritos de Zipaquirá (capital), Cajicá, Cogua, Gachalá, Gachetá, Gachancipá, Guatavita, Guasca, Junín, Nemocón, Pacho, Sesquilé, Sopó, Suesca, Tabio, Tenjo, Tocancipá y Ubalá.