En términos prácticos, la institución deja de funcionar en 1987 aunque su único y último interno J.D.C.
[3] En la práctica, esta Colonia casi inaccesible sirvió muchas veces como destino idóneo donde aislar a opositores y a presos por motivos políticos, siendo tal el caso de los dirigentes izquierdistas que fueron recluidos allí en 1962.
[10] En 1963 el pensador peruano César Guardia Mayorga es encarcelado en el Sepa acusado de sedición, propaganda comunista y ataque a la fuerza armada.
Durante su estancia en la Colonia, Zeballos escribiría algunas obras entre las que destaca Poemas de la Prisión.
[11] Otro opositor político famoso recluido en la institución fue Alfonso Barrantes Lingán[3] frejolito, fundador del frente Izquierda Unida y primer alcalde socialista de la capital peruana.
[14] Así, por ejemplo, puede citarse a políticos como Ollanta Humala o Pedro Pablo Kuczynski como casos de líderes que en campañas electorales prometieron explícitamente la reapertura del penal para usarlo como destino de corruptos.