En 1962, al producirse el golpe militar del general Ricardo Pérez Godoy, nuevamente fue apresado, siendo confinado esta vez en la isla de El Frontón, célebre centro de reclusión situado frente al Callao.

En 1976, durante el gobierno militar del general Francisco Morales Bermúdez, Ledesma fue una vez más apresado, pero esta vez se le envió deportado a la Provincia argentina de Jujuy, donde, según cuenta el mismo Ledesma, estuvo a punto de ser arrojado al mar por la dictadura de Jorge Rafael Videla.

Para las elecciones constituyentes de 1978, Ledesma participó como candidato a la Asamblea Constituyente por el Frente Obrero Campesino Estudiantil y Popular junto a otros candidatos como Hugo Blanco y Enrique Fernández Chacón.

Su plancha presidencial estuvo conformada por el novelista Manuel Scorza y la abogada Laura Caller, sin embargo, no tuvo éxito tras el segundo triunfo de Fernando Belaúnde Terry y solo logró ser elegido como senador para el periodo parlamentario 1980-1985.

[6]​ Posteriormente, el FOCEP decide integrar la coalición Izquierda Unida liderada por el histórico Alfonso Barrantes, quien luego sería el candidato presidencial para las elecciones generales de 1985.

Ledesma postuló a la reelección como senador y logró tener éxito, obteniendo 29,662 votos, para el periodo 1985-1990.

[4]​ El 1 de abril del 2018, Genaro Ledesma falleció a los 86 años tras estar internado en el Hospital “Edgardo Rebagliati”.