Se inició en la política como militante del Partido Aprista Peruano liderado por Víctor Raúl Haya de la Torre.
Estuvo bajo prisión en 1965 en la Isla El Frontón por una presunta participación en el conato guerrillero que dirigió Luis de la Puente Uceda.
Luego en 1975, durante el gobierno militar liderado por Juan Velasco Alvarado, Malpica fue deportado a Argentina y tras su regreso al Perú, fue perseguido por el gobierno de Francisco Morales Bermúdez donde permaneció por un tiempo en la clandestinidad casi un año.
Participó sin éxito en las elecciones generales de 1980 como candidato presidencial junto a Edmundo Murrugarra y César Lévano.
Carlos Malpica también fue opositor a Sendero Luminoso, en donde fue víctimas de agresiones y calificado por Abimael Guzmán como "sirviente del estado burocrático-terrateniente".