En 1917 durante el segundo gobierno de José Pardo y Barreda se construyó una prisión donde fueron encarcelados los más avezados y peligrosos criminales.
[2] También estuvieron recluidos en la isla presos políticos como el expresidente Fernando Belaúnde Terry quien fue encerrado durante doce días en los años 60, por encabezar desde Arequipa una manifestación en contra del segundo gobierno del aristocrático Manuel Prado Ugarteche.
En 1981 Fernando Belaúnde Terry renombró esta prisión como Penal San Juan Bautista.
El motín se inició en el llamado Pabellón Azul, cuando los internos tomaron por rehenes a varios custodios del penal, a quienes les arrebataron sus armas de fuego, fusiles FN FAL, además de haber confeccionado pequeñas bombas caseras llamadas "quesos rusos" y cócteles Molotov.
Horas más tarde la prensa peruana daba cuenta que la mayoría de los amotinados habían perecido en el proceso, siendo aún hasta hoy en día materia de investigación, tanto judicial como periodística, el posible hecho de ejecuciones extrajudiciales, hecho que involucraría al mismo presidente García.