En septiembre del mismo año obtuvo de Juan III la autorización para crear el sistema de las capitanías hereditarias y eligió para sí los territorios en donde ya había construido establecimientos a costa de la Corona.
Los donatarios apenas pasaban breves períodos en la capitanía, dejando la administración a cargo de un representante legal, el capitão-mor (capitán mayor).
En 1543, fundó la primera Santa Casa de Misericórdia, la cual llamó Todos os Santos, nombre que pasaría a la villa de Santos, cuyo puerto estaba mejor localizado que el de São Vicente.
Más tarde, por orden del tercer gobernador general Mem de Sá, realizó expediciones al interior en busca de oro y plata y habría llegado hasta la Chapada Diamantina en el sertão baiano.
En este período, por lo tanto, fueron designados dos capitanes mayores distintos para cada donatario, con competencia territorial sobre la misma área.
Finalmente en 1645 la condesa de Vimieiro consiguió hacer valer sus derechos y la capitanía con sede en Itanhaém (o Nossa Senhora da Conceição de Itanhaém) fue incorporada a la capitanía de San Vicente, aunque se mantuvo legalmente hasta 1771.
A mediados del siglo XVIII, por decisión del Marquês de Pombal, no serían concedidas más capitanías hereditarias y las ya existentes deberían ser reincorporadas a los bienes de la Corona.