La capitanía de Río de Janeiro (Capitania do Rio de Janeiro) fue el nombre con que fue bautizada en 1565 la sección más septentrional de la capitanía de San Vicente, que se extendía por 55 leguas desde la desembocadura del río Macaé (Río de Janeiro) hasta la del río Juqueriquerê (Caraguatatuba, São Paulo).

Esta parcela más al norte de la capitanía de San Vicente había sido abandonada por su donatario Martim Afonso de Sousa, que nunca se interesó en su poblamiento.

Al finalizar el gobierno de Mem de Sá en Bahía, en 1572, el territorio del Brasil fue dividido en dos gobiernos generales, uno al norte en Bahía y el otro al sur en Río de Janeiro, para el primero fue nombrado gobernador general Luís Brito e Almeida y para el segundo António Salema, hasta que el gobierno fue reunificado en 1578 con Lourenço da Veiga como único gobernador general con sede en Bahía.

Entre 1808 y 1815 Río de Janeiro fue la capital del Reino de Portugal e dos Algarves, como era oficialmente designado Portugal en esa época.

Entre 1815 y abril de 1821, fue la capital del Reino Unido de Portugal, Brasil y Algarve.