Éste, a su vez, viene del tupí: Guanã-barã o su equivalente Gua-nã-pará, de Goá "seno" o "cuenco", nã "similar a" y pará "mar", significando «seno parecido al mar».

Si bien Guanabara no lleva tilde y en Brasil lo común es acentuar la penúltima sílaba al pronunciar el término, en atención a su origen francés y tupí correspondería acentuarse en la última (Guanabará).

Los principales problemas ambientales que experimenta la bahía son las aguas servidas, la basura, y los derrames de petróleo.

Las aguas residuales domésticas son su principal fuente de contaminación, que provienen de quince municipios cercanos y son vertidas en ríos que fluyen hacia, o directamente en la bahía, estimándose no contar con ningún tratamiento.

[9]​ Se estima que de éstos, ciertos daños causados al medioambiente son irreparables.

El Puente Río-Niterói (parte de la autopista BR-101) cruza la bahía, uniendo las localidades homónimas desde su inauguración en 1974.

Dentro de los proyectos comprendidos por éste se encuentra la construcción del puente Río-Niterói sobre la bahía, comenzado en 1968.

La obra fue inaugurada en 1974, durante los últimos días del gobierno de Emílio Garrastazu Médici.