La capitanía de Santo Amaro fue creada en 1534 cómo uno de los quince lotes del territorio brasileño entregados por el rey de Portugal, Juan III, a los donatarios en régimen de hereditario.

La capitanía fue donada a Pero Lopes de Sousa e iba desde la boca del río Juqueriquerê, en Caraguatatuba, hasta Bertioga (de norte a sur de la costa paulista).

La capitanía, sin recursos naturales de importancia y sin vínculos con el Planalto, no se desarrolló.

Las únicas acciones destinadas a ocupar el territorio fueron la construcción de los Fuertes de São João y São Filipe, destinados a la protección del puerto de Santos, una beneficiaria de aceite de ballena en el extremo norte de la isla, en la desembocadura del canal de Bertioga y la acción de algunos grupos de jesuitas para la catequesis de indios.

Con el tiempo, pasó a ser, en la práctica, parte de la capitanía de San Vicente, la cual pasó a compartir con Santo Amaro el mismo donatario a partir de la década de 1620, con el triunfo del conde de Monsanto en la disputa judicial con la condesa de Vimieiro.