Al finalizar la temporada 2012/13, tras lograr la permanencia deportiva en Segunda División, fue descendido administrativamente por la LFP por presuntas irregularidades en su capital social.
Así que, sobre la base de este germen, se creó un club ajeno a todas estas organizaciones.
De ese encuentro surge una comisión formada por Francisco Nicolás, Ignacio Burgos, Jaime Pujades, José Mª Moreno, Cayetano Morán, Carlos Camargo, Manuel Herrero, Antonio Vicenti y Rafael Aguilar.
En dicha fase se enfrentó a Recreativo de Huelva, Real Betis, Alicante, Cacereño y Atlético Baleares.
El coste para viajar a las Islas Baleares, fue un tanto penoso, según cuentan personas cercanas al club e incluso algunos jugadores tuvieron que empeñar sus calcetines y ropa para poder sufragarse el desplazamiento.
En 1967 el Deportivo Guadalajara estrenaba su nueva casa, el "Campo del Henares", y retornó a la competición.
Quedó encuadrado en el grupo II, junto a equipos como Deportivo Alavés, Logroñés, Castilla, Atlético Madrileño, Osasuna o Getafe.
Obtuvo una más que meritoria octava plaza, aunque sería el preludio de la mala temporada –con descenso incluido– siguiente.
Hasta en seis ocasiones (1989, 1991, 1998, 1999, 2003 y 2006), el Deportivo Guadalajara jugó, sin éxito, la fase de ascenso a Segunda División “B”.
Durante todos estos años en los que se persiguió sin éxito el sueño del ascenso el club siguió transformándose.
Guadalajara dejaba de ser la única provincia española que nunca había tenido, al menos, un equipo en Segunda “B".
[1] Finalizaría la temporada 2007/08 en un meritorio octavo puesto, teniendo hasta el final opciones para clasificarse para los play-off de ascenso.
[3] El inicio del equipo fue sorprendentemente positivo y se situó líder de la categoría en la sexta jornada[4] pese a ser un 'novato'.
[5] Para su segunda campaña en la categoría, el club se marcó como objetivo jugar los play-off de ascenso a Primera División.
Tras el mismo, continúan los resultados positivos y el equipo sigue escalando posiciones hacia mitad de la tabla.
Ante estos hechos, decide abrir un expediente administrativo al club y presentar una querella contra el presidente Retuerta.
[8] Tras rechazar tanto la LFP como el CSD los distintos recursos presentados ante esta decisión, el club alcarreño ha decidido acudir a la justicia ordinaria.
El club consigue salvar la categoría en las últimas jornadas de liga quedando 3 puntos por encima del descenso en 15ª posición.
Por primera vez en su historia, el Guadalajara pasó de ronda en Copa del Rey contra un equipo dos categorías superior como la S.D.
Esto le hizo enfrentarse por primera vez en su historia en partido oficial contra un equipo de Primera División como el Elche C.F., que se llevó la eliminatoria por 0-3 y acabó con la mejor participación en Copa del Rey hasta el momento del Deportivo Guadalajara.
Néstor Ruiz (78 %) Damián Cafarella (12 %) GDI (5 %) Accionistas minoritarios (5 %) El Deportivo Guadalajara ha tenido 15 presidentes a lo largo de su historia.
El campo tiene capacidad para 6.500 espectadores y está situado en la calle Julián Besteiro, en el barrio de El Balconcillo.
El entrenador que más años ha dirigido al equipo ha sido Rodríguez Santander, durante seis temporadas: de la 1951/52 a la 1956/57.
El entrenador más laureado es Carlos Terrazas (2010 - 2013), que ascendió el club a la Liga Adelante y logró mantenerlo en la categoría las dos temporadas siguientes.