Sin embargo no durarían demasiado las alegrías, dado que la siguiente temporada supone un paso atrás con el descenso a la Preferente de Aragón, en la que afortunadamente permanece solo una temporada al ser campeón y volver a la Tercera División de España.El debut en la Segunda División B del equipo se produjo en la temporada 1977/78, nada más inaugurarse la categoría de nueva creación.Sin embargo, nada más empezar los noventa para la temporada 1990/91 vuelve a la Segunda División B, no por mucho tiempo ya que solo permanecería otra campaña más hasta un nuevo descenso a la Tercera División de España.Onésimo Sánchez fue el elegido para reemplazarle y junto con Carlos Hugo García Bayón, certifica el ascenso del Huesca frente al Écija Balompié en la eliminatoria final a doble partido.Tras realizarse algunos descartes y confirmarse que no iba a continuar el técnico del ascenso, Onésimo Sánchez, el club contrata a Antonio Calderón como entrenador con el que debutaría el equipo en Segunda División, además regresa el preparador físico Roberto Cabellud.La primera victoria no tardó mucho en llegar, se produjo en la tercera jornada, disputada en El Alcoraz frente a la S.D.Víctor Pérez y Dani Hernández fueron las dos primeras incorporaciones en confirmarse durante el mercado estival, posteriormente se sumaría Mikel Rico quien ya había vestido la elástica azulgrana en la temporada del ascenso y otro viejo conocido como Vicente Pascual, que había jugado en la capital oscense cinco temporadas atrás.A ellos se irían uniendo varios jugadores más, entre los que destacaban el veterano delantero Moisés García León, el central italo-argentino Daniel Mustafa, el delantero brasileño Reinaldo o el defensa cedido por el Osasuna, Ion Echaide que llegaría para cumplir la primera de sus tres etapas en la Sociedad Deportiva.En el aspecto deportivo, el club oscense comenzó la Liga Adelante en el siempre complicado Martínez Valero de Elche, dónde el club dirigido por Antonio Calderón se impuso por cero goles a dos a los locales, tantos conseguidos por dos de las nuevas incorporación para esta campaña, Mikel Rico y Borja Rubiato.En el último día del mercado de fichajes invernal el club incorporó al brasileño Gilvan Gomes Vieira que estuvo dos semanas a prueba.En el mercado estival se decide aúnar fichajes jóvenes como David Vázquez, Ekhi Senar, Manu Molina, Javi Martínez, Toni Sánchez o la vuelta, esta vez en propiedad de Jokin Esparza con fichajes más veteranos y de cierto renombre entre los que cabe destacar Rafel Sastre, Josetxo, Bernardo o Rafael Clavero.En lo deportivo, tras un complicado comienzo que dejó al Huesca antepenúltimo en la clasificación y le costó el puesto a Ángel Royo en la octava jornada, la llegada de Quique Hernández y la profunda reestructuración que sufre la plantilla durante el mercado invernal, en la cual se incorporan seis nuevos integrantes, permitió al cuadro oscense salir de la zona caliente pasados dos tercios de la temporada para terminar salvando la categoría con suficiencia.La quinta temporada en la Liga Adelante se inicia con la salida Quique Hernández y el regreso de un viejo conocido de la afición oscense, Fabri González, que ya había estado al frente del banquillo altoaragonés durante unas semanas en el año 2005.El entrenador gallego dimitiría durante la pretemporada alegando problemas personales[10] y era suplido por Antonio Calderón para quien también sería su segunda etapa a cargo de la entidad.[11] Transcurridas las primeras cinco jornadas de la competición, habiendo sumado únicamente cuatro puntos, Pablo Alfaro es cesado y se contrata a David Amaral para tomar las riendas del equipo.De cara a la siguiente temporada, el exjugador azulgrana Luis Helguera pasaba a ocupar la dirección deportiva y Luis García Tevenet llegaba procedente del Fútbol Club Cartagena para ejercer como nuevo entrenador, tras no ser renovado David Navarro Arenaz.El fracaso que supuso la no consecución del ascenso junto con la reducción del presupuesto supuso un cambio drástico en la plantilla, solo cinco jugadores continúan respecto a la anterior campaña, que se vio reforzada con varios jugadores procedentes de su equipo juvenil, subcampeón de su grupo en la anterior temporada.En 2019 se descubrió documentación que probaba el amaño de partidos en esta temporada[12] Al año siguiente, tras una temporada en la que el equipo se mostró a un gran nivel y con pocos tropiezos, logra por primera vez en su historia el ascenso a la primera división tras vencer el 21 de mayo de 2018 al CD Lugo por 0-2 como visitante en la jornada 40, ya que sobrepasaba en 7 puntos al tercer clasificado cuando quedaban sólo 6 en juego.Tras perder por 1-0 contra el Real Valladolid destituyen a Leo Franco como entrenador, el equipo marchaba último con 5 puntos de 24.[15] En la temporada 2020/2021 la SD Huesca vuelve a Primera División, manteniendo al entrenador, Michel Sánchez,[16] y buena parte de los jugadores que venían de Segunda División, y reforzándose con varios fichajes[17] como Sandro, Gastón Silva, Borja García o Pablo Mafeo.[23] El club estuvo cerca de que se vendiera a dos grupos extranjeros: Kronos y Rola.
