Su mayor éxito fue disputar la Segunda División de España, categoría en la que militó durante tres temporadas.
La temporada 1942-43 la Unión Deportiva Huesca ascendió a la Tercera División, donde militó siete campañas consecutivas.
En un primer momento el equipo luchó por recuperar la categoría perdida y la temporada 1953-54 disputó sin éxito la fase de ascenso a Segunda.
A causa de una alineación indebida, los oscenses vieron como se les daba por perdido el partido que habían ganado por 2-0 a la Sociedad Deportiva Montañanesa, sumando además una sanción federativa que les restó otros dos puntos.
La Unión Deportiva Huesca también tuvo una sección de baloncesto que comenzó su actividad en los años 40.