[2]Gracias a la colaboración con César Muñoz se comenzó el primer campeonato piloto con chicos de 8 y 9 años.[7] En 1998, volvió a adjudicarse el torneo Apertura de la Liga, clasificando al Argentino B 1998-99.En el Argentino A de 1999-00 compitió en la Zona Sur, donde no realizó una buena campaña.Sin embargo, el empate en la última fecha en su visita a Cultural Argentino le permitió mantener la categoría finalizando penúltimo.Para la temporada 2000-01, la mejoría se vió en los resultados, obteniendo más triunfos y finalizando en el quinto lugar.[9] En el Argentino A 2001-02 realizó su mejor campaña en la división: dentro de una zona sur que estuvo muy disputada hasta la última fecha, el equipo logró asegurar la clasificación al hexagonal pornel título en la penúltima fecha, con el triunfo ante Juventud Unida Universitario por 3 a 2, habiendo sufrido solo dos derrotas ante Estudiantes de Río Cuarto en la primera fecha y ante un ya descendido Huracán de San Rafael en la última.[16] En el Apertura 2003 de la B Nacional realizó una de sus mejores campañas, peleando por la cima del torneo durante varias fechas,[17] destacándose el triunfo por 3 a 0 ante Ferro Carril Oeste,[18] alcanzando el quinto lugar en el torneo.[21][22] La temporada 2004/05 fue una de las mejores de la historia del club: en el Apertura 2004, logró repuntar com una campaña similar en puntos al del Apertura anterior, aunque finalizó en el undécimo lugar; mientras que el Clausura 2005 fue su mejor torneo, donde se destacaron un nuevo triunfo ante Huracán y el triunfo por 2 a 0 ante Chacarita Juniors en San Martín, partido que se vió suspendido por incidentes de la parcialidad local.[28] Tras un período de estabilidad en la división, en la temporada 2008-09 tuvo una decaída en su rendimiento y, tras perder de local ante Platense por la penúltima fecha, fue condenado a jugar la promoción por tercera vez, finalizando penúltimo en aquel campeonato.[31] En el campeonato 2009-10, el equipo mostró una leve mejoría, que no se vió muy reflejada en la antepenúltima posición, y tampoco pudo remontar su promedio: tras la derrota ante Atlético de Rafaela por 2 a 1, por la fecha 36, quedó sentenciado a jugar nuevamente al menos la promoción,[32] situación que logró asegurar con el empate ante San Martín de San Juan por la penúltima fecha.La temporada 2010-11 fue la última del club en la división: el buen comienzo, venciendo por 1 a 0 a Aldosivi en Mar del Plata, no tuvo continuidad, y los malos resultados invadieron su rendimiento; en ese torneo el equipo sumó 11 derrotas consecutivas.Con sólo cuatro triunfos, terminó último en la Zona Sur, siendo relegado a disputar la Revalida por la permanencia.[42] En la Revalida, logró revertir su situación con mejores resultados, asegurando la clasificación a la siguiente ronda en la disputa por el segundo ascenso.[45] En el Torneo Argentino B 2012-13, logró superar la Primera fase al terminar segundo en la Zona H, habiendo vencido en la mayoría de los partidos que disputó y haciéndose fuerte de local, donde no sufrió derrotas.[60] En esta instancia, así como en 2012, logró repuntar y meterse entre los mejores de su zona para clasificarse a la siguiente fase en disputa por el segundo ascenso.[62] El 30 de octubre, se enfrentaron en Río Cuarto: tras iniciar ganando los mendocinos desde los 8 minutos, Rodrigo Linares consiguió la igualdad a los 24 minutos, la cual se mantuvo el resto del partido y en la prorroga, donde Gutiérrez terminó con 10 jugadores y la CAI con 9; en los penales, los medocinos se impusieron, dejando a la CAI fuera de la revalida y condenada nuevamente al descenso.En el segundo semestre, se disputó un torneo complementario, donde volvieron los descensos; en esta oportunidad, compitió en la Zona A de la Región Sur y terminó en el quinto puesto, manteniendo la categoría.[64] Luego enfrentó a Boxing Club, quedando eliminado de la Segunda fase en los penales.[70] En el torneo de 2021-22, quedó rápidamente eliminado en la primera etapa, tras caer en la última fecha ante Jorge Newbery.[72] En septiembre de 2023, el Consejo Federal le renovó su licencia para la temporada 2023-24 y clasificó directamente al torneo.En 2002 se convirtió en el primer equipo de la región en disputar la Primera B Nacional.Desde el año 2012 el club posee también una escuela de básquet a cargo del profesor Mariano It.
El predio de entrenamiento La Mata, donde la CAI se concentra en ciertos días de preparación.
