Por no lograr el ascenso directamente al Torneo Argentino A, el equipo de Pirané debió jugar un reclasificatorio junto con San Martín (Monte Comán), Central Córdoba (Santiago del Estero) y Argentino del Norte (Tucumán).

El máximo goleador del equipo fue Marcelo Morales, que convirtió 15 goles en ese Argentino B y 4 en el Reclasificatorio, sumando 19 goles en la campaña, una marca que hasta ahora nadie pudo alcanzar con la camiseta de 13 de Junio.

13 de Junio hoy en día es un club que ha hecho historia en el Argentino A y sus números lo reflejan.

La tabla del grupo quedó de esta manera : Para la fase final se juntaron los 3 clasificados de la Zona A y Zona B y 13 de Junio compartió esa fase junto con General Paz Juniors, Huracán (Tres Arroyos), General Belgrano, Ben Hur y Douglas Haig, que venían del mismo grupo.

A 13 nunca le pesó la categoría que tenían los rivales, pero lamentablemente estuvo muy cerca de obtener el ascenso al Nacional B.

Luego de las 10 fechas se definió el campeón que obtuvo el ascenso al Nacional B 2000/01: En la Temporada 2000/01 del Torneo Argentino A, 13 de Junio no iba a tener una buena actuación ya que de los 16 partidos que disputó en la primera fase solamente ganó 3, empató 8 y perdió 5.

Debutó en Río Cuarto (Córdoba) empatando 2 a 2 contra Asociación Atlética Estudiantes.

En el Torneo Apertura 13 de Junio hizo una campaña aceptable pero no logró clasificar a la segunda fase.

La Tabla del Apertura quedó de la siguiente manera : En el Clausura no logró hacer un buen torneo, a pesar de la gran victoria en el debut por 2 a 1 ante el Club Atlético Tucumán.