Inicialmente, se jugaba durante el primer semestre de cada año, compartiendo calendario con el Torneo Federal C, sin embargo y tras la disputa del Torneo Complementario de 2016, el Federal C pasó a jugarse en el primer semestre, mientras que el Federal B comenzó a hacerlo en el segundo semestre.

Se disputó por eliminación directa a doble partido, uno en cada sede.

peor clasificado Segunda fase y 2.º Zona C vs.

Los dos ganadores de cada cruce se enfrentaron entre sí en la Segunda fase, definiendo de local quieinales interregionales, con los cruces organizados geográficamente y con el mismo formato.

Los cuatro vencedores obtuvieron el ascenso al Torneo Federal A 2018-19.