El Torneo Federal B Complementario 2016,[2]​ fue la cuarta temporada del certamen, perteneciente a la cuarta categoría para los equipos de fútbol de los clubes indirectamente afiliados a la AFA.

[5]​ Cinco equipos renunciaron a sus plazas, descendiendo automáticamente de categoría.

Todos los ganadores se enfrentaron en la Cuarta fase, o finales interregionales, con los cruces organizados geográficamente y con el mismo formato.

Los cuatro vencedores obtuvieron el ascenso al Torneo Federal A 2017-18.

[3]​ El equipo peor colocado en cada zona descendió al Torneo Federal C 2017, lo que determinó dieciséis descensos.