Se desconoce la fecha en que Bartolomé recibió órdenes, así como gran parte de su biografía hasta ser elevado a cardenal.

[4]​ Su buena reputación en asuntos de Derecho, hizo que en 1548 San Ignacio de Loyola lo nombrase juez árbitro para intermediar entre Tívoli y Città Sant'Angelo, que guardaban fuertes diferencias.

En un primer momento de la Cueva propuso como arquitecto a Miguel Ángel, quien aceptó el encargo, pero a causa de la oposición de algunos nobles italianos que rechazaron esta propuesta, el proyecto lo llevó a cabo Jacopo Vignola.

Fue invitado a colocar la piedra, pero en primera instancia rechazó el honor que suponía, pues consideró que tal distinción correspondía a San Ignacio, ya que había sido quien había puesto la primera piedra espiritual de la Compañía, y por ello también debía hacerlo con la material; finalmente, ambos colocaron la piedra, y bajo ella dispuso el cardenal dos piedras preciosas de gran valor, pertenecientes a su rico joyero personal.

[2]​ Una vez cumplido su mandato, Felipe II le envió de regreso a Roma, para que averiguase las intenciones del Papa, que no le inspiraba confianza y estaba gravemente enfermo.

[7]​ Apenas llevaba un mes en la capital italiana cuando falleció el pontífice, por lo que se quedó en la ciudad para desempeñar sus funciones como cardenal y para impedir que fuese elegido ningún enemigo de su Rey, ya que Felipe II le había dado órdenes sobre la manera de actuar cuando llegase el momento.

[7]​ En la primera votación del cónclave, ocurrida el 11 de septiembre, obtuvo 17 votos, y en la noche del 25 de septiembre estuvo a muy pocos para haber sido elegido sumo pontífice de la Iglesia católica, hecho que finalmente no ocurrió.

También dotó otra capellanía en Ledesma, villa propiedad de la familia.