Se ha demostrado eficacia del FMT, en ensayos clínicos para el tratamiento de la infección por Clostridioides difficile (CDI),[3][4] que puede causar desde diarrea hasta colitis pseudomembranosa.La experiencia publicada del tratamiento de la colitis ulcerosa con FMT muestra en gran medida que se requieren infusiones múltiples y recurrentes para lograr una remisión o cura prolongada.Incluyeron infecciones bacterianas en la sangre, fiebre, síndrome similar al SIRS, exacerbación de la enfermedad inflamatoria intestinal en personas que también tenían esa afección y malestar gastrointestinal leve que generalmente se resolvió poco después del procedimiento, incluyendo flatulencia, diarrea, deposiciones irregulares, distensión abdominal/hinchazón, dolor/sensibilidad abdominal, estreñimiento, calambres y náuseas.[10][22][23][23] La microbiota intestinal comprende todos los microorganismos que residen a lo largo del tracto gastrointestinal, incluidos los organismos comensales, simbióticos y patógenos.Por el contrario, en el caso de otras afecciones, como la colitis ulcerosa, todavía no se ha identificado a ningún culpable.[37] El concepto de tratar las enfermedades del colon con materia fecal se originó en la India.La literatura médica china del siglo IV también menciona el uso de materia fecal para tratar la intoxicación alimentaria y la diarrea severa.1200 años después, el médico de la dinastía Ming, Li Shizhen, usó "sopa amarilla" (también conocida como "jarabe dorado") que contenía heces frescas, secas o fermentadas para tratar enfermedades abdominales.[38] La "sopa amarilla" estaba hecha de materia fecal y agua, que la persona bebía.Desde entonces, varias instituciones han ofrecido FMT como una opción terapéutica para una variedad de afecciones.[45] En mayo de 2013, la FDA también anunció que había estado regulando el material fecal humano como medicamento.[49] En toda Europa, han surgido numerosos bancos de heces para satisfacer la creciente demanda.Las bacterias intestinales cultivadas se están estudiando desde 2013, como una alternativa al trasplante de microbiota fecal.[52] Un ejemplo es la bacterioterapia rectal (RBT), desarrollada por Tvede y Helms, que contiene 12 cepas cultivadas individualmente de bacterias anaerobias y aerobias que se originan a partir de heces humanas "sanas".[53] También se han realizado investigaciones para identificar los microbios más relevantes dentro de los trasplantes fecales, que luego podrían aislarse y fabricarse mediante fermentación industrial; dichos productos estandarizados serían más escalables, reducirían el riesgo de infecciones por microbios no deseados y mejorarían el estudio científico del enfoque, ya que se administraría la misma sustancia cada vez.