Los organismos no patógenos son aquellos que no causan enfermedad, daño o muerte a otro organismo; generalmente el término se usa para describir bacterias.
Algunos microorganismos no patógenos son comensales dentro del cuerpo de los animales y se denominan microbiota.
Las personas inmunocomprometidas son especialmente vulnerables a las bacterias que generalmente no son patógenas, pero debido a un sistema inmune comprometido, la enfermedad ocurre cuando estas bacterias obtienen acceso al interior del cuerpo.
Se han identificado genes que predisponen a enfermedades e infecciones con bacterias no patógenas por un pequeño número de personas.
[3] Las cepas de E. coli no patógenas que normalmente se encuentran en el tracto gastrointestinal tienen la capacidad de estimular la respuesta inmune en humanos, aunque se necesitan más estudios para determinar las aplicaciones clínicas.