El fin último de éste y de otros proyectos similares patrocinados por el NIH y relacionados con el microbioma, era probar cómo los cambios en el microbioma humano están asociados con la salud o enfermedad humana; sin embargo, este tema todavía no se entiende del todo bien.

La última sirvió para proporcionar secuencias genómicas de referencia con fines comparativos durante el posterior análisis metagenómico.

Se enfatizó la microbiología de cinco localizaciones en el cuerpo: oral, piel, vaginal, intestino y nasal/pulmonar.

Sin embargo, los organismos que se piensan encontrar en el microbioma humano pueden ser generalmente categorizados como bacterias (la mayoría), miembros del dominio Archaea, levaduras y eucariotas unicelulares, así como varios parásitos helmintos y virus, estos últimos incluyendo virus que infectan a los microorganismos celulares (por ejemplo, los bacteriófagos, los virus de bacterias).El PMH tratará algunas de las preguntas científicas actuales más inspiradoras, fastidiosas y fundamentales.

[7]​El PMH se ha descrito como una lógica extensión conceptual y experimental del Proyecto Genoma Humano.

Otros estudios que han empleado datos y técnicas del PMH incluyen el papel del microbioma en diversas enfermedades en el tracto digestivo, piel, órganos reproductivos, y trastornos de la infancia.