[1][2] Esta microbiota normal está en relación simbiótica mutualista con el hospedador, ya que también se obtienen ventajas de ellos tanto como ellos la obtienen del individuo; estos ayudan en la digestión del alimento, producen vitaminas y protegen contra la colonización de otros microorganismos que pueden ser patógenos, lo cual es llamado antagonismo microbiano.Existe la creencia que todas las bacterias son malignas, pero una gran parte realizan funciones vitales como la intervención en la expresión de genes y prevención de enfermedades; es por eso que el microbioma también ha sido llamado "órgano perdido" o "genoma extendido".[5] Hay pocos parámetros fisiológicos e inmunológicos que no están profundamente afectados por la presencia y naturaleza de la microbiota normal del cuerpo, siendo la resistencia del huésped a las infecciones uno de los factores más prominentes.El término microbiota hace referencia a la comunidad de microorganismos vivos residentes en un nicho ecológico determinado;[6] conformando ecosistemas microbianos.Los más comunes son los Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Candida albicans, algunos de los cuales pueden causar enfermedades en casos especiales, por lo que se les llama patógenos oportunistas.[5] Asimismo, se localiza en ambientes específicos en el humano como son: piel, orofaringe, tracto gastrointestinal y genitourinario, entre otros.[11] Lo primero que se coloniza es la piel del recién nacido, seguida de la bucofaringe, el aparato digestivo y otras mucosas.[13] La leche materna es una fuente importante de bacterias comensales, mutualistas o probióticas para el intestino infantil.[14] La colonización es el proceso mediante el cual los microorganismos se instalan en un determinado sitio,e inicia inmediatamente después del nacimiento.[8] La microbiota intestinal contribuye al estado de salud del huésped, por sus funciones en nutrición, protección, desarrollo y proliferación celular e inmunomodulación.[15] Los organismos que se han encontrado en la piel son en su mayoría bacterias gram positivas, por ejemplo, estafilococos coagulasa-negativos, Staphylococcus aureus, corynebacterium, Propionibacteriaceae.[16] La microbiota varía según las condiciones que implica cada región del cuerpo, de esta forma se pueden dividir en tres grupos: Los primeros, al ser áreas más cerradas, retienen más calor y líquidos corporales.[3] Esta flora cobra importancia en la ruptura de la membrana timpánica donde estos organismos pueden entrar al oído medio y causar infección.La vagina es un ecosistema dinámico que permanentemente regula su equilibrio mediante el estado hormonal de la hospedera y la flora bacteriana presente.[3] Los organismos causales de enfermedades oculares, como conjuntivitis, son Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus, Haemophilus influenzae, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Pseudomonas aeruginosa y Bacillus cereus.[21] El uso de probióticos es una alternativa cada vez más empleada para regular y restaurar la microbiota bacteriana normal con fines profilácticos, terapéuticos y/o nutricionales.Por lo que la propuesta de aumentar las defensas microbianas comensales del huésped, usando organismos probióticos, tiene consecuencias tan buenas para el intestino como para la vagina.
