[4] Posteriormente, se barre la superficie con electrones acelerados que viajan a través del cañón.
Un detector formado por lentes basadas en electroimanes, mide la cantidad e intensidad de los electrones que devuelve la muestra, siendo capaz de mostrar figuras en tres dimensiones mediante imagen digital.
Estos instrumentos consistieron, a lo largo de los años, desde una simple lupa hasta un microscopio compuesto.
Los voltajes elevados se utilizan para muestras metálicas, ya que estas en general no sufren daños como las biológicas y de esta manera se aprovecha la menor longitud de onda para tener una mejor resolución.
Los electrones acelerados salen del cañón, y se enfocan mediante las lentes condensadora y objetiva, cuya función es reducir la imagen del filamento, de manera que incida en la muestra un haz de electrones lo más pequeño posible (para así tener una mejor resolución).
Cuando el haz incide sobre la muestra, se producen muchas interacciones entre los electrones del mismo haz y los átomos de la muestra; puede haber, por ejemplo, electrones que reboten como las bolas de billar.
Los microscopios electrónicos solo pueden ofrecer imágenes en blanco y negro puesto que no utilizan la luz visible.
La tecnología, introducida a principios de la década del 2000, permite mover el haz de electrones unos pocos grados a la izquierda del eje perpendicular del mismo y generar una imagen para inmediatamente después generar un segundo barrido ahora inclinado a la derecha.