La subtilisina (serina endopeptidasa) es una proteasa inicialmente obtenida de la bacteria Bacillus subtilis.

Las subtilisinas son secretadas en grandes cantidades por muchas especies del género Bacillus.

Es una proteína globular de 275 residuos con varias alfa-hélices y una gran lámina Beta.

Aunque en la secuencia de aminoácidos Asp-32, His-64, y Ser-221 están muy alejadas, convergen en la estructura tridimensional para formar el centro activo.

Para resumir las interacciones descritas anteriormente, la Ser-221 actúa como nucleófilo y escinde enlaces peptídicos con su átomo de oxígeno parcialmente negativo.