Hasta la constitución definitiva del Virreinato de Nueva Granada (1739), su territorio jurisdiccional pertenecía administrativamente al Virreinato del Perú, pero en la práctica se trataba directamente con el Consejo de Indias y con la península.En su origen, se encargó a esta Real Audiencia administrar y pacificar el territorio; sin embargo, entre 1564 hasta 1717, poseyó un presidente al que se le otorgaron funciones gobernativas.La corona decide enviar a Santa Fe un hombre fuerte para controlar la situación.Por eso, desde 1564 hasta 1717 en la Nueva Granada existió un presidente, quien dirigía a la Real Audiencia a quien se le asignaron funciones de gobierno.En 1715, los Oidores se rebelaron contra don Francisco Meneses Bravo de Saravia, originando una crisis en el sistema presidencial, el golpe contra Meneses y la nueva situación política en España de la época, acabaron con la presidencia y dio origen al virreinato.
Escudo de armas de la Real Audiencia de Santa Fe
Reales Audiencias del Virreinato del Perú, hacia 1650: 1) Real Audiencia de Panamá 2) Real Audiencia de Santa Fe de Bogotá 3) Real Audiencia de Quito 4) Real Audiencia de Lima 5) Real Audiencia de Charcas 6) Real Audiencia de Chile.
