[4]​ En 1661 fue nombrado presidente de la Real Audiencia del Nuevo Reino de Granada, tomando posesión en febrero del año siguiente.

Allí fomentó las misiones católicas entre los indígenas paeces y las tribus de los Llanos y la provincia de Pamplona.

En 1663, indios charguajes y tamas asaltaron la población de Mocoa e "hicieron pedazos todas las cruces que hallaron".

En Santafé, con la ayuda del síndico Francisco de Caldas Barboza,[5]​ inauguró la primera carnicería pública, terminó la edificación de la torre y el atrio de la catedral de la ciudad e hizo construir puentes sobre los ríos San Agustín, San Francisco y Funza.

Durante los 18 meses siguientes el gobierno fue desempeñado por la Audiencia, presidida por el oidor decano Francisco de Leyva.