[2] El término secretum (secreto) se aplicaba desde el siglo XV, en el ámbito de las cortes, a las personas o instituciones cercanas al Príncipe —en el caso de la Santa Sede, al Papa— y a su familia.
La denominación quería expresar que este era el archivo "personal", "exclusivo" o "privado" del Pontífice.
Es a partir del siglo IV cuando se forma el primer archivo en San Juan de Letrán, en la Basílica romana sede del Papado, donde a pesar de algunos desplazamientos temporales, permanece hasta el siglo XII.
Durante esta época se crea también el Archivo del Castel Sant Angelo.
Durante los siglos XII al XIV, las series regulares de los Registros vaticanos (en lat.
Es León XIII quien el 10 de mayo de 1884 establece el motu proprio del Archivo Vaticano, su fin deberá ser ante todo, como herramienta del Papa y por sus colaboradores en la Santa Sede: Guardia Suiza, Cardenales, Obispos, Sacerdotes.
Este mismo Papa empieza en 1881 a permitir algunos casos de visitas, alimentando muchos rumores y mitos del auténtico contenido bibliográfico.