Junto con José Vasconcelos, fundó el Ateneo de la Juventud, grupo humanista opuesto a la filosofía positivista imperante en la época.
La generación del Ateneo había roto con la filosofía de Augusto Comte y de Herbert Spencer, acudiendo, entre otros, a Henri Bergson, Arthur Schopenhauer, y José Enrique Rodó.
Contra el racionalismo imperante, los ateneístas creían en un ser humano moral, voluntarioso y espiritual.
[5] En 1933 la Universidad Nacional Autónoma de México le otorga la distinción Doctor honoris causa.
En 1906 participó en la fundación de la revista Savia Moderna con los hermanos Pedro y Max Henríquez Ureña, Jesús T. Acevedo, Ricardo Gómez Robelo, Roberto Argüelles Bringas, Rafael López, Carlos González Peña y Manuel Bringas.
Sin embargo, su obra más importante es La existencia como economía, como desinterés y como caridad.