La misión principal del ALFLOT es la preparación de la Flota.
El Cuartel General de la Flota (CGF) se constituye por los órganos que agrupan los recursos humanos y materiales necesarios para asistir al Almirante de la Flota en el ejercicio del mando.
[1] El Estado Mayor de la Flota es el órgano auxiliar del ALFLOT, y se divide en cuatro secciones: Desde el final de la guerra civil, el Estado Mayor de la Flota siempre estuvo embarcado en el crucero Canarias.
Cuando este fue dado de baja se trasladó a la Base Naval de Ferrol hasta que finalmente en 1988 se trasladó a su ubicación actual en la Base Naval de Rota.
La Fuerza de Acción Marítima (FAM) se compone de unidades que tienen por cometido principal prepararse para proteger los intereses marítimos nacionales y el control de los espacios marítimos de soberanía e interés nacional, contribuyendo al conjunto de actividades que llevan a cabo las distintas administraciones públicas con responsabilidades en el ámbito marítimo.
El ALFLOT es el comandante del Mando de Vigilancia y Seguridad Marítima y este último está directamente subordinado al JEMAD.