Fue entregado para su formación y educación al boyardo Borís Morózov, un político astuto y sensible mentor, suficientemente educado para reconocer las necesidades de su país, e inaccesible a las ideas de Occidente.Cerró un tratado con Polonia y evitó cuidadosamente complicaciones con el Imperio otomano.Su política interna procuró ser justa, intentando aliviar las arcas públicas, limitando los privilegios de comerciantes extranjeros y aboliendo muchas cortes caras e inoperantes.Su apoyo a la Reforma de la Iglesia por el patriarca Nikon (1654) provocó la división del patriarcato mоsсоvita (aparición de los "Viejos Creyentes", que no aceptaron las reformas) y duras luchas religioso-eclesiásticas.En 1649 Alexéi introdujo el sobórnoye ulozhéniye, un nuevo código legal que llevó a definir todos los servicios de los súbditos al Estado.La élite regional la constituían los oficiales cosacos huidos de Zaporozhie (Ucrania); la llamada Starshyna.Bohdán Jmelnytsky envió en marzo al zar una Petición con 23 artículos en los que se establecían las condiciones del acuerdo.Los cosacos seguirían eligiendo a su atamán, que juraría lealtad al zar.Los cosacos aceptaban la dependencia del Zarato ruso en su política exterior, particularmente en relación con Polonia y el sultán de la Puerta (Otomanos).El número de cosacos registrados se elevaría a 60.000, todos los cuales recibirían sueldos a partir de las rentas y feudos que le corresponderían al zar en el territorio cosaco (Kiev, Zaporozhia, Cherníhiv y Brátslav).Se ha discutido mucho sobre la interpretación de este tratado desde el primer momento por ambas partes.La "Paz eterna" de 1686, por el que Moscovia se quedó con la parte este del país tomando al río Dniéper y Kiev como frontera, quedando Ucrania con dos Hetmanes (uno en Polonia y otro en el Hetmanato de Kiev).La parte oriental y parte del Hetmanato se cedió a Polonia, traicionando Alexéi al campesinado ucraniano ortodoxo que volvió a quedar bajo el yugo polaco.La guerra con Suecia acabó en derrota (1656–1658) no logrando la tan deseada salida al mar Báltico.Durante los años 1670–1680, se condujo guerra con el Kanato de Crimea y el Imperio otomano, en la que no se logró una salida al mar Negro, aprovechando que el Hetman de la parte polaca, Petró Doroshenko intentó rebelarse contra Polonia e invadir la parte oriental del Hetmanato reunificando Ucrania al invadir Moscovia, como era tradicional, cambió varias veces de bando hasta abdicar con honores y exiliarse en dominios del Zar.La última parte del reinado de Alekséi Mijáilovich supuso un primer contacto con occidente, gracias a las influencias de los religiosos y estudiosos ucranianos de la Mohelianska academia ortodoxa de Kiev, creada bajo auspicio cosaco tomando como modelo las escuelas de jesuitas polacos a las que muchos oficiales cosacos habían asistido, al ser de la pequeña nobleza ortodoxa ucraniana, que se convirtieron en súbditos y a su vez intermediarios entre los cerrados moscovitas, aún en conflicto con los "viejos creyentes", o los nobles y el pueblo con estética boyarda (las famosas barbas que Pedro I el Grande querrá eliminar) у el occidente europeo.El primer matrimonio de Alexéi con María Miloslávskaya fue un éxito, dando a luz a trece bebés en veintiún años de matrimonio: cinco hijos y ocho hijas.
