Aguilera debió ser asimismo discípulo de Juan Oriz, organista antecesor suyo en la Seo.
Regresó a Zaragoza en 1603, dejando una gran huella en el cabildo de la Catedral.
Su vuelta a Zaragoza probablemente se debió a motivos familiares, ya que allí conservaba aún varios sobrinos; aunque los principales indicios apuntan al puesto de organista en la Seo.
En 1618 publicó Aguilera su libro de magníficats Canticum Beatissimae Virginis Deiparae Mariae, a cuatro, cinco, seis y ocho voces, obra magistral tremendamente difundida y empleada habitualmente en catedrales españolas, donde se aprecia un gran uso de la policoralidad.
Su mayor contribución a la tecla, los cuatro tientos de medio registro de bajo que se conservan (números 7, 8, 9 y 17 en el catálogo principal) muestran tratamientos novedosos del contrapunto organístico.
El bajo solista, simple o doble en ciertos casos, acompañado generalmente en acordes llenos en la mano derecha, tendrá una grandísima influencia en los compositores posteriores.
Igual sucede con el Discurso sobre los saeculorum, trazando sobre el plano armónico una rica estructura con multitud de temas relacionados entre sí.
Aún disponiendo sólo de 18 ejemplos, es posible ver las profundas diferencias entre unos y otros.
Especial importancia tiene en su música el factor cadencial, que alcanza un carácter novedoso y mucho más desarrollado.