Quedó ciego de niño,[1]​ circunstancia adversa que no le impidió realizar una brillante carrera musical.

Entre 1548 y 1551 viajó con el aún príncipe Felipe, luego Felipe II, por Milán, Nápoles, Alemania y los Países Bajos.

Considerado uno de los más grandes teclistas y compositores de su tiempo, su obra está escrita preferentemente para su instrumento, el órgano, aunque se interpretaba ya en su época con otros instrumentos e incluso con conjuntos instrumentales (curiosos minestriles).

En Madrid tiene dedicada una calle en el barrio de las Tablas.

En el año 1965 se publicó en Barcelona una nueva edición en tres volúmenes debida a Higinio Anglés que no incluía las glosas, y años más tarde la musicóloga María Asunción Ester Salas publicó otro tomo, que constituye el volumen cuarto de las obras completas de Antonio de Cabezón, con las glosas que faltaban.