Un año más tarde, en la corte lisboeta, acudió como Maestro de la Capilla Real el napolitano Domenico Scarlatti, que compartió afanes musicales con Seixas durante un lustro, de lo que resultó una influencia mutua muy provechosa.
En la capital se destacó como organista, clavecinista y compositor de gran valía.
En otras partes de la ceremonia religiosa, el organista podía tocar e incluso improvisar en lugares que admitieran un solo instrumental.
De esta forma, los compositores aprovechaban para dar a conocer sus composiciones o su habilidad para la improvisación.
Por otro lado, Carlos Seixas acompañaba al clave las fiestas cortesanas musicales en los sitios reales o en algunas casas nobles.