A través de matrimonios con otros clanes nobles, como los Ducas, los Angelos o los Paleólogos, sus descendientes gobernaron el Imperio hasta su caída.
En 1057 Isaac dio un golpe de Estado contra Miguel y se proclamó emperador.
Varias familias son, a su vez, descendientes de los Comnenoducai: los Paleólogo, los Dinastía Ángelo, los Vatatzés (o Batatzes) y los Láscaris.
Alejo II, el primero de la familia en llegar al trono siendo menor de edad, reinó solo tres años, y su sucesor Andrónico I durante dos, destronado por la familia Ángelo con Isaac II, que a su vez sería destronado y cegado por su propio hermano Alejo III.
Un miembro renegado de la familia, también llamado Isaac, estableció un "imperio" separado en Chipre en el siglo XII.
La isla le sería arrebatada por Ricardo Corazón de León durante la Tercera cruzada.
El historiador del siglo XI Miguel Pselo informa que los Comnenos son originarios de la villa de Komne em Tracia usualmente identificada como "Campos of Komnene" (Κομνηνῆς λειμῶνας) mencionado en el siglo XIV por Juan Cantacuceno.
El historiador rumano George Murnu sugirió en 1924 que los Comneno eran de ascendencia arrumana, pero esta opinión también se rechaza ahora.