Los dos hermanos eran los únicos descendientes masculinos del emperador bizantino Andrónico I, que había sido destronado y asesinado en 1185, y por lo tanto reclamaban representar al gobierno legítimo del Imperio después de la conquista de Constantinopla por la Cuarta Cruzada en 1204.

Aunque sus rivales que gobernaban el Imperio de Nicea consiguieron convertirse en los sucesores por derecho, y hacían sus pretensiones dinásticas al discutible trono imperial, los descendientes de Alejo continuaron enfatizando tanto su patrimonio y la conexión con la dinastía Comneno al referirse a sí mismos como Megas Comnenos o Grandes Comnenos.

[1]​ Mientras su hermano David conquistaba varias provincias bizantinas en el noroeste de Anatolia, Alejo defendió su capital de Trebisonda de un infructuoso asedio por los turcos selyúcidas alrededor del año 1205.

Los cronistas musulmanes registran cómo, en 1214, Alejo fue capturado por los turcos mientras defendía la ciudad Sinope; a pesar de enviar un emisario para buscar su rendición de la ciudad Alejo se negó a capitular ante el sultán Kaikaus I, y Alejo fue torturado ante la vista de los sinopenses.

[3]​ Alejo murió a la edad de cuarenta años.