Viajó a Constantinopla para rendir homenaje al emperador bizantino Manuel I Comneno, quien lo persuadió para instalar un patriarca griego en Antioquía.

Bohemundo restauró al patriarca latino solo después de que su similar griego pereciera durante un terremoto en 1170.

Como Bohemundo repudió a su segunda esposa y se casó con una dama antioqueña, el patriarca Emerico lo excomulgó en 1180.

Para preservar la paz con este, no proporcionó asistencia militar a los cristianos durante la tercera cruzada.

[11]​ Sin embargo, su madre apeló a Manuel I, quien confirmó su posición como la única soberana de Antioquía.

[18]​[19]​ Aprovechando su ausencia, Nur al-Din atacó la fortaleza de Harenc (actual Harem, Siria), un feudo del principado.

[23]​ Poco después de su liberación, Bohemundo visitó al emperador bizantino en Constantinopla y le rindió homenaje.

Bohemundo apeló al emperador bizantino, quien removió a su primo de su cargo, y lo reemplazó con Constantino Colomán.

[33]​[34]​ Para fortalecer su alianza con los bizantinos, se casó con Teodora en 1177, que estaba emparentada con Manuel I.

[37]​[38]​ Según el cronista contemporáneo Guillermo de Tiro, muchos cruzados lo culparon, junto con Raimundo III, por disuadir al conde de tomar parte un campaña militar contra Egipto debido a que querían aprovechar su presencia en sus propios dominios.

[39]​ As-Salih pagó cincuenta mil dinares y renunció a la mitad de las aldeas cercanas en favor del príncipe.

[43]​ El historiador Bernard Hamilton, que acepta la narración del cronista, dice que vinieron a la ciudad para elegir un esposo para Sibila, hermana y heredera del rey, y para disminuir la influencia de los parientes maternos de Balduino IV.

[47]​ Bohemundo pronto repudió a su esposa y se casó con una dama antioqueña de mala reputación llamada Sibila.

[48]​ El historiador contemporáneo Ali ibn al-Athir la describió como una espía que «mantenía correspondencia con Saladino e intercambiaba regalos con este».

[50]​[48]​ Después de que Bohemundo confiscara la propiedad eclesiástica, el patriarca impuso un entredicho sobre Antioquía y huyó a su fortaleza en Qosair.

[50]​[48]​ El príncipe asedió la fortaleza, pero Reinaldo Mazoir, señor de Margat y otros nobles que apoyaban al patriarca se pusieron en su contra.

[51]​[52]​ La paz no se restableció por completo, y los líderes de la oposición huyeron a la Armenia Cilicia.

[53]​ Temiendo un ataque contra Antioquía, el príncipe vendió la ciudad Tarso a Rubén III, señor armenio de Cilicia, para recaudar fondos.

[54]​ Balduino IV prometió enviarle trescientos caballeros, pero el sultán no invadió el principado y firmó un tratado de paz con Bohemundo.

[58]​ El príncipe invitó al señor armenio a un banquete en Antioquía, donde ordenó su captura y encierro en 1185.

[59]​ Después de pagar el rescate en 1186, fue liberado, pero pronto volvería a reconquistar las fortalezas y pueblos que había cedido al principado.

[63]​ Los nómadas también irrumpieron en Antioquía, donde saquearon las tierras bajas alrededor de Latakia y los monasterios en las montañas cercanas.

[67]​ En tres meses, el sultán capturó casi todas las ciudades y fortalezas del reino.

[69]​ Sus tropas capturaron Latakia el 22 o 23 de julio, Saona seis días después, y las fortalezas a lo largo del río Orontes en agosto.

[87]​[86]​ Según Ibn Al-Athir, Bohemundo «hizo una reverencia» y Saladino «le otorgó un manto de honor»[88]​ en su reunión.

[92]​[63]​ Los nobles antioqueños permitieron a los soldados armenios entrar en la ciudad, pero los burgueses, principalmente griegos y latinos, se opusieron al dominio invasor.

Los burgueses se reunieron en la catedral para formar una comuna bajo los auspicios del patriarca Emerico y declararon a Raimundo de Antioquía, regente mientras su padre estuviera prisionero.

El arzobispo había venido al principado para asegurar los derechos del pequeño para suceder a su abuelo.

[104]​ Su segunda esposa, Teodora (a quien los Lignages d'Outremer mencionan como Irene) era pariente del emperador bizantino Manuel I Comneno.

[105]​ El historiador Charles M. Brand la identifica como la hija del sobrino de Manuel I, Juan Ducas Comneno.