Familia de portadores de solutos

Familia de proteínas transportadoras de membrana

El grupo de proteínas transportadoras de soluto ( SLC ) incluye más de 400 miembros organizados en 66 familias. ^{[1] [2]} La mayoría de los miembros del grupo SLC se encuentran en la membrana celular . El sistema de nomenclatura de genes SLC fue propuesto originalmente por el Comité de Nomenclatura de Genes HUGO ( HGNC ) y es la base para los nombres oficiales de HGNC de los genes que codifican estos transportadores. Se puede encontrar una clasificación más general de transportadores transmembrana en la base de datos TCDB .

Los solutos que son transportados por los distintos miembros del grupo SLC son extremadamente diversos e incluyen moléculas orgánicas cargadas y no cargadas, así como iones inorgánicos y el gas amoníaco .

Como es típico de las proteínas integrales de membrana , las SLC contienen una serie de hélices alfa transmembrana hidrofóbicas conectadas entre sí por bucles hidrofílicos intra y extracelulares. Dependiendo de la SLC, estos transportadores son funcionales como monómeros u homo- o hetero-oligómeros obligados. Muchas familias de SLC son miembros de la superfamilia de facilitadores principales .

Alcance

Por convención del sistema de nomenclatura , los miembros de una familia SLC individual tienen una identidad de secuencia entre sí superior al 20-25 %. Por el contrario, la homología entre familias SLC es muy baja o inexistente. ^[3] Por lo tanto, el criterio para la inclusión de una familia en el grupo SLC no es la relación evolutiva con otras familias SLC, sino más bien funcional (es decir, una proteína de membrana integral que transporta un soluto).

El grupo SLC incluye ejemplos de proteínas de transporte que son:

• Transportadores facilitadores (permiten que los solutos fluyan cuesta abajo con sus gradientes electroquímicos )
• Transportadores activos secundarios (permiten que los solutos fluyan cuesta arriba contra su gradiente electroquímico mediante el acoplamiento al transporte de un segundo soluto que fluye cuesta abajo con su gradiente de modo que el cambio general de energía libre sigue siendo favorable)

La serie SLC no incluye miembros de familias de proteínas de transporte que hayan sido clasificadas previamente mediante otros sistemas de nomenclatura ampliamente aceptados, incluidos:

• Transportadores activos primarios (permiten el flujo ascendente contra gradientes electroquímicos) como los transportadores ABC ( ATP Binding Cassette) al acoplar el transporte a un evento de liberación de energía como la hidrólisis de ATP.
• canales iónicos
• acuaporinas (canales de agua)

Distribución subcelular

La mayoría de los miembros del grupo SLC se encuentran en la membrana celular , pero algunos miembros se encuentran en las mitocondrias (el más notable es la familia SLC 25) u otros orgánulos intracelulares .

Sistema de nomenclatura

Los nombres de los miembros individuales del SLC tienen el siguiente formato: ^[4]

${\displaystyle {\ce {SLCnXm}}}$

dónde:

• SLC es el nombre raíz ( S o L ute C arrier)
• n = un número entero que representa una familia (por ejemplo, 1-52)
• X = una sola letra (A, B, C, ...) que denota una subfamilia
• m = un número entero que representa un miembro individual de la familia ( isoforma ).

Por ejemplo, SLC1A1 es la primera isoforma de la subfamilia A de la familia SLC 1.

Una excepción ocurre con la familia SLC 21 ^[5] (los transportadores de polipéptidos transportadores de aniones orgánicos), que por razones históricas tienen nombres en el formato SLCOnXm donde n = número de familia, X = letra de subfamilia y m = número de miembro.

Si bien el HGNC solo asigna nomenclatura a los genes humanos, por convención los ortólogos vertebrados de estos genes adoptan la misma nomenclatura (por ejemplo, los ortólogos de SLC10A1 asignados por el VGNC). En el caso de los roedores, el uso de mayúsculas y minúsculas en los símbolos difiere del de otros vertebrados al utilizar mayúsculas y minúsculas en el título, es decir, Slc1a1 denota el ortólogo de roedores del gen humano SLC1A1.

Familias

Las siguientes familias se nombran bajo SLC: ^[6]

1. Transportador de glutamato de alta afinidad y aminoácidos neutros ^[7]
   • ( SLC1A1 , SLC1A2 , SLC1A3 , SLC1A4 , SLC1A5 , SLC1A6 , SLC1A7 )
2. transportador de GLUT facilitador ^[8]
   • ( SLC2A1 , SLC2A2 , SLC2A3 , SLC2A4 , SLC2A5 , SLC2A6 , SLC2A7 , SLC2A8 , SLC2A9 , SLC2A10 , SLC2A11 , SLC2A12 , SLC2A13 , SLC2A14 )
3. Subunidades pesadas de transportadores de aminoácidos heterodiméricos ^[9]
   • ( SLC3A1 , SLC3A2 )
4. transportador de bicarbonato ^[10]
   • ( SLC4A1 , SLC4A2 , SLC4A3 , SLC4A4 , SLC4A5 , SLC4A6 , SLC4A7 , SLC4A8 , SLC4A9, SLC4A10, SLC4A11 )
5. cotransportador de sodio y glucosa ^[11]
   • ( SLC5A1 , SLC5A2 , SLC5A3 , SLC5A4 , SLC5A5 , SLC5A6 , SLC5A7 , SLC5A8 , SLC5A9, SLC5A10, SLC5A11, SLC5A12 )
6. Simportadores de sodio y neurotransmisores dependientes de sodio y cloruro ^[12]
   • ( SLC6A1 , SLC6A2 , SLC6A3 , SLC6A4 , SLC6A5 , SLC6A6 , SLC6A7, SLC6A8 , SLC6A9 , SLC6A10, SLC6A11 , SLC6A12 , SLC6A13 , SLC6A14 , SLC6A15 , SLC6A16 , , SLC6A18 , SLC6A19 , SLC6A20 )
7. transportador de aminoácidos catiónicos/asociado a glicoproteína ^[13]
   • Transportadores de aminoácidos catiónicos ( SLC7A1 , SLC7A2 , SLC7A3 , SLC7A4 )
   • Subunidades asociadas a la glicoproteína/ligeras o catalíticas de transportadores de aminoácidos heterodiméricos ( SLC7A5 , SLC7A6 , SLC7A7 , SLC7A8 , SLC7A9 , SLC7A10 , SLC7A11 , SLC7A13, SLC7A14 )
8. Intercambiador Na+/Ca2+ ^[14]
   • ( SLC8A1 , SLC8A2, SLC8A3)
9. Intercambiador Na+/H+ ^[15]
   • ( SLC9A1 , SLC9A2 , SLC9A3 , SLC9A4, SLC9A5 , SLC9A6 , SLC9A7, SLC9A8 , SLC9A9, SLC9A10 , SLC9A11 , SLC9B1, SLC9B2 )
10. cotransporte de sales biliares de sodio ^[16]
    • ( SLC10A1 , SLC10A2 , SLC10A3 , SLC10A4, SLC10A5, SLC10A6, SLC10A7 )
11. transportador de iones metálicos acoplado a protones ^[17]
    • ( SLC11A1 , SLC11A2 )
12. cotransportador de cationes electroneutrales-Cl ^[18]
    • ( SLC12A1 , SLC12A1 , SLC12A2 , SLC12A3 , SLC12A4 , SLC12A5 , SLC12A6 , SLC12A7 , SLC12A8 , SLC12A9 )
13. Cotransportador de sulfato de Na+/carboxilato ^[19]
    • (SLC13A1, SLC13A2 , SLC13A3 , SLC13A4, SLC13A5 )
14. transportador de urea ^[20]
    • ( SLC14A1 , SLC14A2 )
15. cotransportador de oligopéptidos de protones ^[21]
    • ( SLC15A1 , SLC15A2 , SLC15A3, SLC15A4 )
16. transportador de monocarboxilato ^[22]
    • ( SLC16A1 , SLC16A2 , SLC16A3 , SLC16A4 , SLC16A5 , SLC16A6, SLC16A7 , SLC16A8 , SLC16A9 , SLC16A10 , SLC16A11 , SLC16A12, SLC16A13, SLC16A14)
17. transportador de glutamato vesicular ^[23]
    • ( SLC17A1 , SLC17A2, SLC17A3 , SLC17A4, SLC17A5 , SLC17A6, SLC17A7 , SLC17A8 , SLC17A9 )
18. transportador de amina vesicular ^[24]
    • ( SLC18A1 , SLC18A2 , SLC18A3 )
19. transportador de folato / tiamina ^[25]
    • ( SLC19A1 , SLC19A2 , SLC19A3 )
20. Cotransportador de Na+-fosfato tipo III ^[26]
    • ( SLC20A1 , SLC20A2 )
21. Transporte de aniones orgánicos ^[27]
    • subfamilia 1 ( SLCO1A2 , SLCO1B1 , SLCO1B3 , SLCO1C1 )
    • subfamilia 2 ( SLCO2A1 , SLCO2B1 )
    • subfamilia 3 ( SLCO3A1 )
    • subfamilia 4 ( SLCO4A1 , SLCO4C1)
    • subfamilia 5 (SLCO5A1)
    • subfamilia 6 (SLCO6A1)
22. transportador de cationes/aniones/zwitteriones orgánicos ^[28]
    • ( SLC22A1 , SLC22A2 , SLC22A3 , SLC22A4 , SLC22A5 , SLC22A6 , SLC22A7 , SLC22A8 , SLC22A9 , SLC22A10 , SLC22A11 , SLC22A12 , SLC22A13 , SLC22A14 , 15 , SLC22A16, SLC22A17, SLC22A18, SLC22A18AS , SLC22A19 , SLC22A20, SLC22A23, SLC22A24 , SLC22A25 , SLC22A31. )
23. Transportador de ácido ascórbico dependiente de Na+ ^[29]
    • ( SLC23A1 , SLC23A2 , SLC23A3, SLC23A4)
24. Intercambiador de Na+/(Ca2+-K+) ^[30]
    • (SLC24A1, SLC24A2, SLC24A3, SLC24A4 , SLC24A5 , SLC24A6)
25. transportador mitocondrial ^[31]
    • ( SLC25A1 , SLC25A2, SLC25A3 , SLC25A4 , SLC25A5 , SLC25A6 , UCP1(SLC25A7) , UCP2(SLC25A8) , UCP3 (SLC25A9) , SLC25A10 , SLC25A11 , SLC25A12 , SLC25A13 , SLC25A14 , SLC25A15 , SLC25A16 , SLC25A17 , SLC25A18, SLC25A19 , SLC25A20 , SLC25A21 , SLC25A22 , SLC25A23, SLC25A24 , SLC25A25, SLC25A26, SLC25A27 , SLC25A28, SLC25A29 , SLC25A30 , SLC25A31 , SLC25A32 , SLC25A33, SLC25A34, SLC25A35, SLC25A36, SLC25A37, SLC25A38 , SLC25A39, SLC25A40 , SLC25A41, 5A42, SLC25A43, SLC25A44, SLC25A45, SLC25A46 ), SLC25A47, SLC25A48 , MTCH1(SLC25A49) , MTCH2 (SLC25A50) , SLC25A51, SLC25A52, SLC25A53
26. intercambiador de aniones multifuncional ^[32]
    • (SLC26A1, SLC26A2 , SLC26A3 , SLC26A4 , SLC26A5 , SLC26A6 , SLC26A7 , SLC26A8 , SLC26A9, SLC26A10, SLC26A11)
27. Proteínas transportadoras de ácidos grasos ^[33]
    • ( SLC27A1 , SLC27A2 , SLC27A3 , SLC27A4 , SLC27A5 , SLC27A6 )
28. Transporte de nucleósidos acoplado a Na+ ^[34]
    • ( SLC28A1 , SLC28A2 , SLC28A3)
29. transportador facilitador de nucleósidos ^[35]
    • ( SLC29A1 , SLC29A2 , SLC29A3, SLC29A4 )
30. transportador de zinc ^[36]
    • ( SLC30A1 , SLC30A2, SLC30A3 , SLC30A4 , SLC30A5, SLC30A6, SLC30A7 , SLC30A8 , SLC30A9, SLC30A10 )
31. transportador de cobre ^[37]
    • ( SLC31A1 , SLC31A2 )
32. transportador de aminoácidos inhibidor vesicular ^[38]
    • ( SLC32A1 )
33. Transportador de acetil-CoA ^[39]
    • ( SLC33A1 )
34. Cotransportador de Na+-fosfato tipo II ^[40]
    • ( SLC34A1 , SLC34A2 , SLC34A3 )
35. transportador de nucleótidos y azúcar ^[41]
    • subfamilia A ( SLC35A1 , SLC35A2 , SLC35A3, SLC35A4, SLC35A5)
    • subfamilia B (SLC35B1, SLC35B2 , SLC35B3, SLC35B4 )
    • subfamilia C ( SLC35C1 , SLC35C2 )
    • subfamilia D (SLC35D1, SLC35D2, SLC35D3)
    • subfamilia E (SLC35E1, SLC35E2A, SLC35E2B, SLC35E3, SLC35E4)
    • subfamilia F ( SLC35F1 , SLC35F2, SLC35F3, SLC35F4, SLC35F5)
    • subfamilia G (SLC35G1, SLC35G3, SLC35G4, SLC35G5, SLC35G6)
36. transportador de aminoácidos acoplado a protones ^[42]
    • ( SLC36A1 , SLC36A2 , SLC36A3, SLC36A4)
37. intercambiador de azúcar-fosfato/fosfato ^[43]
    • ( SLC37A1 , SLC37A2 , SLC37A3, SLC37A4 )
38. Sistema A y N, transportador de aminoácidos neutros acoplado a sodio ^[44]
    • ( SLC38A1 , SLC38A2 , SLC38A3 , SLC38A4, SLC38A5 , SLC38A6, SLC38A7, SLC38A8, SLC38A9 , SLC38A10 , SLC38A11)
39. transportador de iones metálicos ^[45]
    • ( SLC39A1 , SLC39A2 , SLC39A3 , SLC39A4 , SLC39A5, SLC39A6 , SLC39A7 , SLC39A8 , SLC39A9 , SLC39A10 , SLC39A11 , SLC39A12 , SLC39A13, SLC39A14)
40. transportador de hierro basolateral ^[46]
    • ( SLC40A1 )
41. Transportador de magnesio tipo MgtE
    • ( SLC41A1 , SLC41A2, SLC41A3 )
42. Transportador de amoniaco ^{[47] [48]}
    • ( RHAG(SLC42A1) , RHBG(SLC42A2) , RHCG(SLC42A3) )
43. Transportador de aminoácidos independiente de Na+, similar al sistema L
    • ( SLC43A1 , SLC43A2, SLC43A3)
44. Transportador similar a la colina
    • ( SLC44A1 , SLC44A2 , SLC44A3, SLC44A4 , SLC44A5)
45. Transportador putativo de azúcar
    • ( SLC45A1 , SLC45A2 , SLC45A3 , SLC45A4 )
46. Transportador de folato
    • ( SLC46A1 , SLC46A2, SLC46A3 )
47. Extrusión de múltiples fármacos y toxinas
    • ( SLC47A1 , SLC47A2 )
48. Familia de transportadores de hemo
    • (SLC48A1)
49. Transportador de hemo
    • ( FLVCR1(SLC49A1) , FLVCR2(SLC49A2) , SLC49A3, SLC49A4)
50. Transportadores de eflujo de azúcar de la familia SWEET
    • ( SLC50A1 )
51. Transportadores de moléculas derivadas de esteroides
    • ( SLC51A , SLC51B )
52. Familia de transportadores de riboflavina RFVT/SLC52
    • (SLC52A1, SLC52A2 , SLC52A3 )
53. Portadores de fosfato
    • ( XPR1(SLC53A1)
54. Transportadores de piruvato mitocondrial
    • ( MPC1 (SLC54A1), MPC2 (SLC54A2), MPC1L(SLC54A3))
55. Intercambiadores de cationes y protones mitocondriales
    • ( LETM1 (SLC55A1), LETM2(SLC55A2), LETMD1 (SLC55A3))
56. Sideroflexinas
    • ( SFXN1(SLC56A1) , SFXN2(SLC56A2), SFXN3(SLC56A3), SFXN4(SLC56A4), SFXN5(SLC56A5))
57. Familia de transportadores de magnesio similares a NiPA
    • ( NIPA1(SLC57A1) , NIPA2(SLC57A2) , NIPAL1(SLC57A3), NIPAL2(SLC57A4), NIPAL3(SLC57A5), NIPAL4 (SLC57A6))
58. Familia de transportadores de magnesio tipo MagT
    • ( MAGT1(SLC58A1) , TUSC3(SLC58A2 ))
59. Familia de simportadores de lisofosfatidilcolina dependiente de sodio
    • ( MFSD2A (SLC59A1), MFSD2B(SLC59A2))
60. Transportadores de glucosa
    • ( MFSD4A (SLC60A1), MFSD4B(SLC60A2))
61. Familia transportadora de molibdato
    • ( MFSD5 (SLC61A1))
62. Transportadores de pirofosfato
    • ( Ankh (SLC62A1))
63. Transportadores de esfingosina-fosfato
    • (SPNS1(SLC63A1), SPNS2 (SLC63A2), SPNS3(SLC63A3))
64. Intercambiadores Ca2+/H+ del Golgi
    • ( TMEM165 (SLC64A1))
65. Transportadores de colesterol de tipo NPC
    • ( NPC1(SLC65A1) , NPC1L1(SLC65A2))
66. Exportadores de aminoácidos catiónicos
    • (SLC66A1, SLC66A2, SLC66A3 , CTNS(SLC66A4) , MPDU1 (SLC66A5))

SLC putativos

Las SLC putativas , también llamadas SLC atípicas, son proteínas transportadoras secundarias activas o facilitadoras novedosas y plausibles que comparten antecedentes ancestrales con las SLC conocidas. ^{[2] [49]} Sin embargo, las SLC atípicas de tipo MFS se pueden subdividir en 15 familias putativas de transportadores MFS (AMTF). ^[49]

Todos los supuestos SLC son transportadores de SLC plausibles. Algunos son sólo "atípicos" en lo que respecta a su nomenclatura; los genes tienen una asignación SLC pero como un alias, y han conservado su símbolo genético "no SLC" ya asignado como el símbolo aprobado.

A continuación se enumeran algunos SLC putativos: OCA2 , CLN3 , TMEM104 , SPNS1, SPNS2 , SPNS3 , SV2A , SV2B , SV2C, SVOP, SVOPL, MFSD1 , ^[50] MFSD2A , MFSD2B, MFSD3 , ^[50] MFSD4A , ^[51] MFSD4B, MFSD5 , ^[52] MFSD6, MFSD6L , MFSD8 , MFSD9 , ^[51] MFSD10, MFSD11 , ^[52] MFSD12, MFSD13A, MFSD14A , ^[53] MFSD14B , ^[53] UNC93A ^{[54] [55]} y UNC93B1 .

Referencias

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Tablas SLC. Tablas SLC

Enlaces externos

• Esquema de familias
• Conjuntos de datos y reactivos sobre la familia de transportadores de solutos
• Lista de proteínas en el sitio web de HGNC