La chica que Link ha rescatado en el bosque se llama Tetra, y es la capitana de un barco pirata.
Una vez que Link recupera los Orbes y los lleva a las tres islas triángulares, emerge del océano la Torre de los Dioses.
Sin embargo, cuando retira la espada de su pedestal, el castillo vuelve a la normalidad al igual que todas las hostiles criaturas en su interior.
Aunado a ello, está el hecho de que la propia espada ha perdido su poder para repeler al mal.
Ahora con la Trifuerza del Valor en su dominio, y la Espada Maestra restaurada, Link regresa una vez más al castillo de Hyrule, donde Zelda desaparece en cuanto el joven llega.
Cuando Ganondorf queda aturdido, el joven héroe clava su espada en la frente del malvado, y ocasiona que este se convierta en piedra.
Al igual que en anteriores juegos de Zelda, en The Wind Waker se incorporan bombas, botellas y flechas.
Algunos ítems son exclusivos de esta entrega: por ejemplo, la hoja Deku (para permitirle al personaje suspenderse en el aire temporalmente y así cruzar plataformas y superficies radicadas a una cierta altura), el Martillo (como su nombre lo indica, es útil para abrirse paso entre zonas bloqueadas), la Garra (uno de los más usados en todo el juego, y que le permite a Link trasladarse a través de zonas aparentemente inaccesibles), y los Orbes (que son los objetos divinos necesarios para poder acceder a la Torre de los Dioses).
El valor que tienen las rupias en este título son los siguientes: verdes (1), azules (5), amarillas (10), rojas (20), moradas (50), naranjas (100) y plateadas (200).
En el nuevo diseño incorporado en The Wind Waker, Link tiene ojos más grandes y expresivos que en anteriores entregas de Zelda.
Por ejemplo, si necesita resolver un enigma al encender una antorcha y así quemar un objeto distante, sus ojos podrían voltear a ver algún palo cercano (denominado «Palo Boko» en el juego), lo cual le da una pista al jugador para que este sepa cómo continuar el juego.
[18] Igual que en todos los juegos de la serie, esta entrega presenta varias mazmorras encerradas, largas y, a menudo, ubicadas bajo tierra.
Además, Link puede comprender el lenguaje hyliano, a diferencia de la partida original donde este le resulta incomprensible.
Estas nuevas regiones son ahora perceptibles mediante anillos de luz intensos que emanan del océano.
Una vez hecho esto, Link debe rescatar a Tingle de su aprisionamiento en la isla Taura, y solamente así este le proporciona el Tinglevisor, un dispositivo que, al activarse en pleno juego, provoca que Tingle se convierta en un personaje jugador y pueda ser manipulado por un jugador adicional.
[29] Un editor en IGN dijo al respecto que el diseño caricaturesco «trabaja muy bien [y...] se siente bastante como un juego de Zelda».
Además, en E3 se dieron a conocer ciertas innovaciones técnicas, tales como la capacidad de conectar la portátil Game Boy Advance y recibir así asistencia de Tingle (véase la sección Conectividad con Game Boy Advance para más información).
[36] En una entrevista realizada a Aonuma por la revista sueca Reset, en 2005, este declaró que no se había sentido satisfecho con la calidad de The Wind Waker: «Al final de la producción del juego, luchamos contrarreloj y hubo partes que me vi obligado a aprobar, aun cuando sentía que éstas no estaban del todo completas [...] Durante el desarrollo de Twilight Princess, me prometí no volver a cometer esos mismos errores».
[37] Los temas musicales usados en The Wind Waker fueron compuestos por Kenta Nagata, Hajime Wakai, Tōru Minegishi y Kōji Kondō.
Es definitivamente diferente a lo que hubiese esperado, es decir, no tan excéntrico como lo fue Majora's Mask, y además multifacético.
[49] Este disco para GameCube, disponible solamente en la preventa, contenía una versión emulada de Ocarina of Time y Ura Zelda, esta última una expansión para Ocarina of Time que incorpora modificaciones en algunos calabozos del título original así como otros cambios menores que, en su momento, no pudieron ser añadidos a la versión final debido al fracaso comercial del sistema Nintendo 64DD,[50] que nunca fue lanzado fuera de Japón.
[55] Días antes del estreno de The Wind Waker, circularon varios afiches que promocionaban la nueva entrega de The Legend of Zelda, así como anuncios en Internet, concursos llevados a cabo en el continente europeo y locales japoneses con publicidad relativa al juego, que inclusive contaban con una máquina recreativa en donde se podía jugar una demo interactiva de The Wind Waker y que fueron todo un éxito en dicho país.
[60] El disco compilatorio también se ofreció a manera de obsequio para aquellos clientes que registraban una consola GameCube y dos juegos en el sitio web de Nintendo, o que se suscribían o renovaban una suscripción a la revista Nintendo Power.
En ésta, Link navega por el Gran Mar junto a Tetra y sus piratas, pero ambos se separan tras encontrarse con un barco fantasma.
Si bien este último usa un estilo visual más realista, conserva algunos elementos típicos de la técnica cel shading.
Esta fue la razón primordial por la cual los responsables de Zelda decidieron hacer un nuevo juego con un diseño más realista, el cual acabaría siendo Twilight Princess, teniendo como objetivo principal el mercado estadounidense que, a diferencia del japonés, estaba en un nivel mucho más estable en cuanto a la industria de los videojuegos se refiere.
[79] Algunos especialistas percibieron que, en algunos detalles vinculados con la interactividad, The Wind Waker guarda varias semejanzas con Ocarina of Time, lo cual es un aspecto favorable.
[83] GameSpot consideró que algunos jugadores «se sentirían un poco incómodos» debido a «los acertijos sencillos y las batallas con jefes fáciles»; por otra parte, IGN catalogó las batallas con los jefes de cada templo como «un tanto simples», además de percibir que los enemigos «le causan un pequeño daño a Link».
Al contrario, GamePro comentó que las mazmorras tendían a ser «más grandes y desafiantes con nuevos giros», y consideró al mismo tiempo que la caza de tesoros podría «resultar una labor exigente hasta para el más experto jugador de Zelda».
Con respecto a la banda sonora, se comentó que es fluida y abarca todos los momentos importantes de la trama, e incluso la remarcó como «incuestionable».