Eiji Aonuma empezó a desempeñar labores de mayor importancia en Nintendo a partir de 1996, cuando colaboró como diseñador gráfico en el desarrollo de Marvelous, Another Treasure Island, juego que solo vio la luz en tierras japonesas.

A pesar del poco éxito de este, Aonuma persistió en su trabajo y pronto fue solicitado para trabajar en el desarrollo de títulos para la consola Nintendo 64.

A Miyamoto le gustó tanto su trabajo y entusiasmo que, desde entonces y junto a él, Aonuma es el productor y máximo responsable de la saga The Legend of Zelda.

Tras The Legend of Zelda: Ocarina of Time, The Legend of Zelda: Majora's Mask y The Legend of Zelda: The Wind Waker fueron sus primeros trabajos con un puesto de alta responsabilidad dentro de la serie Zelda.

Eiji Aonuma es un gran aficionado al título de la franquicia The Legend of Zelda.