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Variante Alfa del SARS-CoV-2

La variante Alfa (B.1.1.7) fue [2] [3] una variante preocupante del SARS-CoV-2 . Se estimó que era entre un 40% y un 80% más transmisible que el SARS-CoV-2 de tipo salvaje (y la mayoría de las estimaciones ocupan el extremo medio al superior de este rango). Los científicos tomaron nota más ampliamente de esta variante a principios de diciembre de 2020, cuando un árbol filogenético que mostraba secuencias virales de Kent , Reino Unido, parecía inusual. [4]

La variante comenzó a propagarse rápidamente a mediados de diciembre, casi al mismo tiempo que aumentaron las infecciones. Se cree que este aumento se debe, al menos en parte, a una o más mutaciones en la proteína de pico del virus . La variante también se destacó por tener más mutaciones de las que se ven normalmente. [5] En enero de 2021, más de la mitad de toda la secuenciación genómica del SARS-CoV-2 se llevó a cabo en el Reino Unido. [6] Esto dio lugar a preguntas sobre cuántas otras variantes importantes circulaban por el mundo sin ser detectadas. [7] [8]

El 2 de febrero de 2021, Public Health England informó que habían detectado "[un] número limitado de genomas B.1.1.7 VOC-202012/01 con mutaciones E484K ", [9] a los que denominaron Variante de preocupación 202102/02 (VOC -202102/02). [10] Una de las mutaciones ( N501Y ) también estaba presente en la variante Beta y la variante Gamma . El 31 de mayo de 2021, la Organización Mundial de la Salud anunció que la variante preocupante se denominaría "Alfa" para su uso en comunicaciones públicas. [11] [12]

La variante Alfa desapareció a finales de 2021 como resultado de la competencia de variantes aún más infecciosas. En marzo de 2022, la Organización Mundial de la Salud cambió su designación a "variante preocupante que circulaba anteriormente".

Clasificación

Nombres

La variante recibe varios nombres. Fuera del Reino Unido, a veces se la denomina variante del Reino Unido , variante británica o variante inglesa , [13] a pesar de la existencia de otras variantes menos comunes identificadas por primera vez en el Reino Unido, como la variante Eta (linaje B.1.525). Dentro del Reino Unido, se la conoce comúnmente como variante Kent en honor a Kent , donde se encontró la variante. [14] [15] [16]

En uso científico, la variante había sido originalmente nombrada la primera variante bajo investigación en diciembre de 2020 (VUI – 202012/01) por Public Health England (PHE), [17] [a] pero fue reclasificada como una variante de preocupación ( variante de Concern 202012/01 , abreviado VOC-202012/01 ) por Meera Chand y sus colegas en un informe publicado por PHE el 21 de diciembre de 2020. [b] En un informe escrito en nombre del Consorcio COVID-19 Genomics UK (COG-UK) , Andrew Rambaut y sus coautores, utilizando la herramienta Asignación filogenética de linajes de brotes globales nombrados (pangolín), lo denominaron linaje B.1.1.7 , [19] mientras que Nextstrain denominó la variante 20I/501Y.V1 . [20]

El nombre VOC-202102/02 se refiere a la variante con la mutación E484K (ver más abajo). [10]

Perfil genético

Las mutaciones en el SARS-CoV-2 son comunes: se han detectado más de 4.000 mutaciones solo en su proteína de pico, según el Consorcio COVID-19 Genomics UK (COG-UK) . [22]

VOC-202012/01 se define por 23 mutaciones: 14 mutaciones no sinónimas, 3 deleciones y 6 mutaciones sinónimas [23] (es decir, hay 17 mutaciones que cambian proteínas y seis que no [5] ).

Síntomas y signos

El Imperial College de Londres investigó a más de un millón de personas en Inglaterra mientras la variante Alfa era dominante y descubrió una amplia gama de síntomas adicionales relacionados con Covid. "Escalofríos, pérdida de apetito, dolor de cabeza y dolores musculares" fueron los más comunes en las personas infectadas, además de los síntomas clásicos. [24]

Diagnóstico

Varias pruebas rápidas de antígenos para el SARS-CoV-2 se utilizan ampliamente en todo el mundo para el diagnóstico de COVID-19. Se cree que son útiles para detener la cadena de transmisión del virus al proporcionar los medios para identificar rápidamente un gran número de casos como parte de un programa de pruebas masivas. Tras la aparición de VOC-202012/01, inicialmente hubo preocupación de que las pruebas rápidas pudieran no detectarla, pero Public Health England determinó que las pruebas rápidas evaluadas y utilizadas en el Reino Unido detectaban la variante. [25]

Prevención

A finales de 2020, se estaban implementando o desarrollando varias vacunas contra la COVID-19 .

Sin embargo, a medida que se produjeron más mutaciones, surgieron preocupaciones sobre si sería necesario modificar el desarrollo de la vacuna. El SARS-CoV-2 no muta tan rápidamente como, por ejemplo, los virus de la gripe , y las nuevas vacunas que han demostrado su eficacia a finales de 2020 son tipos que pueden adaptarse si es necesario. [26] A finales de 2020, las autoridades sanitarias y los expertos alemanes, británicos y estadounidenses creen que las vacunas existentes serán tan eficaces contra la VOC-202012/01 como contra las variantes anteriores. [27] [28]

El 18 de diciembre, NERVTAG determinó "que actualmente no hay datos suficientes para sacar ninguna conclusión sobre... [a]l escape antigénico ". [29]

Al 20 de diciembre de 2020 , Public Health England confirmó que "no hay evidencia" que sugiera que la nueva variante sería resistente a la vacuna Pfizer-BioNTech que se utiliza actualmente en el programa de vacunación del Reino Unido , y que las personas aún deberían estar protegidas. [30]

mutación E484K

El 2 de febrero de 2021, Public Health England informó que había detectado "[un] número limitado de genomas B.1.1.7 VOC-202012/01 con mutaciones E484K ", [9] que también está presente en las variantes Beta y Gamma ; [14] una mutación que puede reducir la eficacia de la vacuna. [14] El 9 de febrero de 2021, se supo que se habían detectado unos 76 casos con la mutación E484K, principalmente en Bristol, pero con un grupo genómicamente distinto en Liverpool que también portaba la mutación. [31] Una semana después, un informe de investigación y análisis de PHE arrojó un total de 77 casos confirmados y probables relacionados con la mutación E484K en todo el Reino Unido, en dos variantes, VUI-202102/01 y VOC-202102/02, este último descrito como 'B.1.1.7 con E484K'. [10]

El 5 de marzo de 2021, se informó que se había detectado un linaje B.1.1.7 con la mutación E484K en dos pacientes de EE. UU. (en los estados de Oregón y Nueva York). Los investigadores pensaron que la mutación E484K en la variante de Oregón surgió de forma independiente. [32] [33]

Características

Transmisibilidad

En general, se ha descubierto que la transmisibilidad de la variante Alfa (linaje B.1.1.7) es sustancialmente mayor que la de las variantes preexistentes del SARS-CoV-2. La variante fue descubierta por un equipo de científicos del COG-UK cuyos resultados iniciales encontraron que la transmisibilidad era un 70% (50-100%) mayor. [16] [34] Un estudio realizado por el Centro para el Modelado Matemático de Enfermedades Infecciosas de la Escuela de Higiene y Medicina Tropical de Londres informó que la variante era del 43 al 90% (rango de intervalos de credibilidad del 95%, del 38 al 130%) más transmisible que las variantes preexistentes en el Reino Unido , dependiendo del método utilizado para evaluar los aumentos de transmisibilidad. En Dinamarca , Suiza y Estados Unidos se midieron aumentos similares en la transmisibilidad del linaje B.1.1.7 . [35] Además, un modelo simple para dar cuenta del rápido aumento del linaje B.1.1.7 en varios países y en el mundo encontró que la variante es un 50% más transmisible que el tipo salvaje local en estos tres países y en todo el mundo. entero. [36] Otro estudio concluyó que era un 75% (70%-80%) más transmisible en el Reino Unido entre octubre y noviembre de 2020. [37] Un estudio posterior sugirió que estas estimaciones anteriores sobreestimaban la transmisibilidad de la variante y que la transmisibilidad El aumento se produjo en los extremos inferiores de estos rangos. [38] [39]

El Ministerio holandés de Salud, Bienestar y Deportes calculó, basándose en la secuenciación del genoma de los casos positivos, cada semana la tasa de transmisibilidad de la variante en comparación con el tipo salvaje local, y descubrió que fluctúa entre un 28% y un 47% más durante las primeras seis semanas. de 2021. [40] En comparación, el Statens Serum Institut danés calculó que era un 55% (48% –62%) más transmisible en Dinamarca basándose en el desarrollo observado de su frecuencia relativa del 4 de enero al 12 de febrero de 2021. [41] El Instituto de Medicina Social y Preventiva (ISPM) de la Universidad de Berna calculó la transmisibilidad del linaje B.1.1.7 basándose en el desarrollo semanal de su fracción observada de todos los positivos de Covid-19 durante toda la pandemia, y encontró que el 95% intervalos de confianza bajo el supuesto de un número de reproducción de tipo salvaje Rw≈1 y un tiempo de generación exponencial de 5,2 días, esa transmisibilidad fue: 52% (45%–60%) mayor en comparación con el tipo salvaje en Dinamarca y 51% (42%- 60%) más alto en comparación con el tipo salvaje en Suiza. [42]

El 18 de diciembre de 2020, al principio de la evaluación de riesgos de la variante, el grupo asesor científico del Reino Unido sobre amenazas de virus respiratorios nuevos y emergentes (NERVTAG) concluyó que tenía una confianza moderada en que VOC-202012/01 era sustancialmente más transmisible que otras variantes. , pero que no había datos suficientes para llegar a ninguna conclusión sobre el mecanismo subyacente del aumento de la transmisibilidad (por ejemplo, aumento de la carga viral, distribución tisular de la replicación del virus, intervalo serial, etc.), la distribución por edad de los casos o la gravedad de la enfermedad. [29] Los datos vistos por NERVTAG indicaron que se determinó que el número de reproducción relativo ("ventaja multiplicativa") era 1,74, es decir, la variante es un 74% más transmisible, suponiendo un intervalo generacional de 6,5 días. Se demostró que la variante creció rápidamente de manera exponencial con respecto a las demás variantes. [43] [44] [45] La variante superó a la variante ancestral en un factor de cada dos semanas. Otro grupo llegó a conclusiones similares, generando una ventaja replicativa, independiente de "medidas de protección", de 2,24 por generación de 6,73 días, superando a la variante ancestral cada dos semanas. [46] De manera similar, en Irlanda, la variante, como lo indica la detección del gen S faltante [c] ( fallo del objetivo del gen S [SGTF]), que históricamente era poco común, pasó del 16,3 % al 46,3 % de los casos en dos semanas. . Esto demuestra, según las estadísticas de 116 muestras positivas, que la variante tuvo un crecimiento relativamente mayor por un factor de , en comparación con el crecimiento promedio de todas las demás variantes al final de este período de dos semanas. [48] ​​La variante se convirtió en la variante dominante en Londres, el este de Inglaterra y el sureste desde niveles bajos en uno o dos meses. Se observa un aumento de las infecciones por SARS-CoV-2 a principios del nuevo año [ ¿por quién? ] como resultado de la elevada transmisibilidad de la variante, mientras que las otras variantes estaban en declive. [49] [50] [51]

Uno de los cambios más importantes en el linaje B.1.1.7 parece ser N501Y , [22] un cambio de asparagina (N) a tirosina (Y) en la posición del aminoácido 501. [52] Esto se debe a su posición dentro el dominio de unión al receptor (RBD) de la proteína de pico , más específicamente dentro del motivo de unión al receptor (RBM), [53] una parte del RBD [54] , que se une a la ACE2 humana . [55] Las mutaciones en el RBD pueden cambiar el reconocimiento de anticuerpos y la especificidad de unión de ACE2 [55] y hacer que el virus se vuelva más infeccioso ; [22] Chand et al. concluyó que "[e]s muy probable que N501Y afecte la afinidad de unión al receptor de la proteína de pico, y es posible que esta mutación sola o en combinación con la deleción en 69/70 en el dominio N-terminal (NTD) está mejorando la transmisibilidad del virus". [56] A principios de 2021, un artículo revisado por pares encontró que la eliminación in vitro del HV 69-70 mencionada "parecía tener una infectividad dos veces mayor en una sola ronda de infección en comparación con el [ SARS-CoV-2 de tipo salvaje ]". en pseudovirus lentivirales SARS-CoV-2 . [57]

Utilizando el enfoque in silico, Shahhosseini et al. demostró que la mutación Y501 en el linaje B.1.1.7 forma un enlace H más corto (longitud de 2,94 Å) que su contraparte en el residuo N501 de la variante de tipo salvaje (WT), lo que indica que en el linaje B.1.1.7 el RBD y hACE2 tiene una interacción estable. Además, la mutación Y501 en el linaje B.1.1.7 contribuye más negativamente a la energía libre de unión (BFE) (-7,18 kcal/mol) que su contraparte en el residuo N501 de la variante WT (-2,92 kcal/mol). Como resultado de combinar BFE y resultados de interacción molecular, la mutación N501Y en RBD fortalece la afinidad de unión de RBD del SARS-CoV-2 a hACE2. [58]

En un análisis detallado de afinidad y cinética de la interacción entre Spike RBD y ACE2, se encontró que la mutación N501Y mejora significativamente la afinidad de unión entre RBD y ACE2 en aproximadamente 10 veces, como resultado de un aumento de 1,8 veces en la tasa de asociación. constante (kon) y una disminución de 7 veces en la constante de tasa de disociación (koff). [59]

Virulencia

Los estudios de cohortes emparejados de la variante Alfa (linaje B.1.1.7) encontraron una tasa de mortalidad más alta que las variantes circulantes anteriores en general, [60] [61] pero no en pacientes hospitalizados. [62] Un estudio ecológico no encontró diferencias en la mortalidad general. [63]

Inicialmente, NERVTAG dijo el 18 de diciembre de 2020 que no había datos suficientes para llegar a una conclusión sobre la gravedad de la enfermedad. En la sesión informativa del primer ministro Boris Johnson al día siguiente, los funcionarios dijeron que "no había evidencia" hasta esa fecha de que la variante causara una mayor mortalidad o se viera afectada de manera diferente por las vacunas y los tratamientos; [64] Vivek Murthy estuvo de acuerdo con esto. [65] Susan Hopkins , asesora médica conjunta de NHS Test and Trace y Public Health England (PHE), declaró a mediados de diciembre de 2020: "Actualmente no hay evidencia de que esta cepa cause una enfermedad más grave, aunque se está detectando". en una amplia geografía, especialmente donde se están detectando más casos". [22] Sin embargo, alrededor de un mes después, el 22 de enero de 2021, Johnson dijo que "hay alguna evidencia de que la nueva variante [VOC-202012/01]... puede estar asociada con un mayor grado de mortalidad", aunque Sir Patrick Vallance , principal asesor científico del gobierno , subrayó que todavía no hay pruebas suficientes para estar totalmente seguro de ello. [66]

En un artículo que analiza doce estudios diferentes sobre la tasa de mortalidad del linaje B.1.1.7 en relación con otros linajes, se encontró que tenía una tasa de mortalidad más alta (71% según LSHTM, 70% según la Universidad de Exeter, 65% según Public Health England, y 36% según el Imperial College London), y NERVTAG concluyó: "Según estos análisis, es probable que la infección con VOC B.1.1.7 se asocie con un mayor riesgo de hospitalización y muerte en comparación con la infección con no -Virus COV". [67] Los resultados de los estudios de muerte se asociaron con una alta incertidumbre e intervalos de confianza, debido a un tamaño de muestra limitado relacionado con el hecho de que el Reino Unido solo analizó el estado de COV para el 8% de todas las muertes por COVID-19. [68]

Un estudio de casos y controles del Reino Unido con 54.906 participantes que dieron positivo por SARS-CoV-2 entre el 1 de octubre de 2020 y el 29 de enero de 2021 en el entorno comunitario (sin incluir a las personas vulnerables de los centros de atención y otras instituciones públicas), informó que los pacientes infectados con el La variante alfa (VOC 202012/1) tuvo un índice de riesgo de muerte dentro de los 28 días posteriores a la prueba de 1,64 (intervalo de confianza del 95 %: 1,32-2,04), en comparación con pacientes emparejados positivos para otras variantes del SARS-CoV-2. [69] También en el Reino Unido, un análisis de supervivencia de 1.146.534 participantes que dieron positivo en SARS-CoV-2 entre el 1 de noviembre de 2020 y el 14 de febrero de 2021, incluidos individuos de la comunidad y de residencias de ancianos y de cuidados, encontró un índice de riesgo de 1,61 ( intervalo de confianza del 95 %: 1,42–1,82) para la muerte dentro de los 28 días posteriores a la prueba entre personas infectadas con el linaje B.1.1.7; no se encontraron diferencias significativas en el mayor riesgo de muerte asociado con el linaje B.1.1.7 entre individuos que diferían en edad, sexo, origen étnico, nivel de privación o lugar de residencia. [61] Ambos estudios se ajustaron según la variación de la mortalidad por COVID-19 por región geográfica y a lo largo del tiempo, corrigiendo posibles sesgos debido a diferencias en las tasas de pruebas o diferencias en la disponibilidad de servicios hospitalarios a lo largo del tiempo y el espacio. [ cita necesaria ]

Un estudio danés encontró que las personas infectadas por el linaje B.1.1.7 tenían un 64% (32%-104%) más de probabilidades de ser ingresadas en hospitales en comparación con las personas infectadas por otro linaje. [70]

La secuenciación genética de VOC-202012/01 ha mostrado una mutación Q27stop que "trunca la proteína ORF8 o la inactiva". [19] Un estudio anterior de las variantes del SARS-CoV-2 que eliminaron el gen ORF8 señaló que "se han asociado con síntomas más leves y mejores resultados de la enfermedad". [71] El estudio también señaló que "SARS-CoV-2 ORF8 es una proteína similar a la inmunoglobulina (Ig) que modula la patogénesis ", que "SARS-CoV-2 ORF8 media la degradación del complejo mayor de histocompatibilidad I (MHC-I)", y que "SARS-CoV-2 ORF8 suprime la respuesta antiviral mediada por interferón tipo I (IFN)". [71]

Refiriéndose a la posición del aminoácido 501 dentro de la proteína de pico, Chand et al. concluyó que "es posible que las variantes en esta posición afecten la eficacia de la neutralización del virus", [56] pero señaló que "actualmente no hay datos de neutralización de N501Y disponibles a partir de sueros policlonales de infección natural". [56] Sin embargo, la deleción HV 69-70 se ha descubierto "en virus que eludieron la respuesta inmune en algunos pacientes inmunocomprometidos ", [72] y también se ha encontrado "en asociación con otros cambios de RBD ". [56]

Epidemiología

La prueba determinó curvas de crecimiento en una escala logarítmica, para el desarrollo de la participación de la variante Alfa (linaje B.1.1.7) entre todas las muestras positivas de coronavirus en Dinamarca, los Países Bajos, el Reino Unido, Portugal, Suiza e Irlanda. [78] Las pendientes indicadas entre paréntesis son la tasa de crecimiento exponencial relativa por día (por ejemplo, 7,6% por día para Dinamarca).
La prueba determinó curvas de crecimiento en una escala logarítmica, para el desarrollo de la participación de la variante Alfa (linaje B.1.1.7) entre todas las muestras positivas de coronavirus en el Reino Unido, países del Reino Unido y regiones de Inglaterra. [81] Las pendientes indicadas entre paréntesis son la tasa de crecimiento exponencial relativa por día (por ejemplo, 8,6% por día para el Reino Unido).

Se estimó que la mayoría de los países no notificaban los casos de la variante Alfa (linaje B.1.1.7) , ya que las pruebas más utilizadas no distinguen entre esta variante y otras variantes del SARS-CoV-2, y la mayor cantidad de casos de SARS-CoV -2 infecciones no se detectan en absoluto. Se requiere la secuenciación de ARN para la detección de esta variante, [82] aunque la prueba RT-PCR para variantes específicas [d] puede usarse como una prueba indirecta para Alfa, o como una primera prueba de detección complementaria antes de realizar la secuenciación del genoma completo . [83] [75]

Hasta el 23 de marzo, la variante Alfa había sido detectada en 125 de 241 estados soberanos y dependencias (o 104 de 194 países miembros de la OMS ), [e] de los cuales algunos habían informado de la existencia de transmisión comunitaria mientras que otros, hasta ahora, sólo habían detectado viajes. casos relacionados. [87] Al 16 de marzo, se había convertido en la variante de COVID-19 dominante en 21 países: Reino Unido (semana 52), Irlanda (semana 2), Bulgaria (semana 4), Eslovaquia (semana 5), ​​Israel (semana 5). ), Luxemburgo (semana 5), ​​Portugal (semana 6), Dinamarca (semana 7), Países Bajos (semana 7), Noruega (semana 7), Italia (semana 7), Bélgica (semana 7), Francia (semana 8), Austria (semana 8), Suiza (semana 8), Liechtenstein (semana 9), Alemania (semana 9), Suecia (semana 9), España (semana 9), Malta (semana 10) y Polonia (semana 11). En el Líbano se ha detectado la aparición y rápida propagación de la nueva variante y se ha observado una relación entre la intensidad de la transmisión del SARS-CoV-2 y la frecuencia de la nueva variante durante los primeros doce días de enero. [88] En febrero, Alpha se convirtió en la variante dominante en el Líbano. [89]

Difundir en el Reino Unido

El primer caso probablemente ocurrió a mediados de septiembre de 2020 en Londres o Kent , Reino Unido. [90] La variante fue secuenciada en septiembre. [91] Hasta el 13 de diciembre de 2020, se habían identificado 1.108 casos con esta variante en el Reino Unido en casi 60 autoridades locales diferentes. Estos casos se produjeron predominantemente en el sureste de Inglaterra . La variante también ha sido identificada en Gales y Escocia. [92] En noviembre, alrededor de una cuarta parte de los casos de la pandemia de COVID-19 en Londres estaban causados ​​por la nueva variante, y en diciembre, eso era un tercio. [93] A mediados de diciembre, se estimó que casi el 60 por ciento de los casos en Londres involucraban a Alpha. [94] Al 25 de enero de 2021, el número de casos confirmados y probables en el Reino Unido había aumentado a 28.122. [95]

Difundido en Europa

La variante se volvió dominante para:

En Bulgaria, la secuenciación del genoma encontró que la variante era dominante con un 52,1% en la semana 4, seguida por un 73,4% en la semana 9. [97]

Distribución de variantes del virus SARS-CoV-2 tras su entrada a Alemania

También en Eslovaquia, una prueba RT-PCR Multiplex DX capaz de detectar las 2 deleciones específicas del linaje B.1.1.7 (ΔH69/ΔV70 y ΔY144), [98] encontró por primera vez la variante a nivel nacional en el 74% de los casos el 3 de febrero ( semana 5), ​​seguido por el 72% de los casos el 15 de febrero (semana 7), y luego aumentó al 90% de los casos el 3 de marzo (semana 9). [99] La misma prueba encontró anteriormente, el 8 de enero, una prevalencia de la variante a una tasa del 36% en el distrito de Michalovce y del 29% en Nitra . [100]

En Israel, la variante se detectó por primera vez mediante secuenciación del genoma el 23 de diciembre de 2020. [101] Sin embargo , los servicios de atención médica de Leumit analizaron con la prueba indirecta RT-PCR (SGTF) y encontraron la variante en una tasa del 3 al 4% el 15 de diciembre. . [102] El Ministerio de Salud nacional estimó, basándose en la secuenciación del genoma, que la prevalencia de la variante se volvió dominante (70%) el 6 de febrero [103] , seguida del 90% el 16 de febrero. [104]

En Luxemburgo, una secuenciación semanal del genoma reveló que la variante creció del 0,3% (semana 51) a ser dominante con una participación del 53,0% en la semana 5, aunque los resultados podrían no ser completamente representativos debido al hecho de que no se produjo ninguna corrección debido a una posible focalización. sesgo por rastreo de contactos, viajeros de aeropuertos y brotes locales. La secuenciación del genoma de un grupo de pruebas aleatorias representativas de la población, sin sesgo de objetivo, se realizó desde la semana 6 y confirmó el estado dominante de la variante a una tasa del 54,1% (semana 6) que creció al 62,8% (semana 9), mientras que Se encontró que la variante Beta competidora (linaje B.1.351) estaba en 18,5% en la semana 9. [105]

En Dinamarca, la variante creció del 0,3 % (semana 46 de 2020) a convertirse en dominante con un 65,9 % (semana 7 de 2021), y siguió creciendo hasta el 92,7 % (semana 10); con una prevalencia regional que oscila entre el 87,3% en la región de Jutlandia del Norte y el 96,1% en la región de Dinamarca Central . [106] El crecimiento observado de la proporción relativa de variantes estuvo totalmente de acuerdo con el pronóstico modelado anteriormente, [41] que había predicho un dominio (más del 50%) a mediados de febrero y una prevalencia de alrededor del 80% del total de variantes circulantes. a principios de marzo. [107] En comparación, la secuenciación del genoma solo encontró la variante Beta competidora en el 0,4% de los casos positivos (9 veces de 2315 pruebas) en la semana 10. [108] [109]

En los Países Bajos, una secuenciación del genoma realizada al azar encontró que la variante aumentó del 1,3% de los casos en la semana 49 a una proporción dominante del 61,3% en la semana 7, seguida del 82,0% en la semana 9; mientras que, en comparación, se encontró que la variante Beta competidora estaba en un 3,0% en la semana 9. [74] En Ámsterdam, la variante Alfa (linaje B.1.1.7) creció del 5,2% (semana 52) al 54,5% (semana 6). . [110]

En Noruega, se descubrió mediante secuenciación del genoma que la variante creció del 5,7% (semana 1) a la dominancia en un 58,4% (semana 7), seguida por un 65,0% (semana 8). [111] Otra gran encuesta que comprende resultados de secuenciación del genoma y pruebas proxy de PCR, con una muestra de más de 1000 pruebas por semana (desde la semana 4), encontró al mismo tiempo que la variante creció del 2,0% (semana 48) La variante Beta alcanzó el 60,0% (semana 7), seguida del 72,7% en la semana 10, mientras que en comparación sólo el 2,2% de los casos correspondían a la variante Beta. [112] La variante a nivel regional tuvo su mayor participación en el condado de Oslo y Viken , [113] creciendo del 18% al 90% de las muestras analizadas en Oslo del 20 de enero al 23 de febrero (aunque con la estimación corregida con datos un poco más baja). al 50-70% el 23 de febrero); mientras que creció del 21% al 80% de las muestras analizadas en Viken del 25 de enero al 23 de febrero (aunque con la estimación corregida con datos un poco más baja, 50% el 23 de febrero). [114] Para el período del 15 de febrero al 14 de marzo, la encuesta combinada de secuenciación del genoma y pruebas proxy de PCR también encontró que la variante Alfa tenía una tasa dominante superior al 50% en 8 de 11 regiones, con su tasa más alta (82% ) encontrado para Oslo; mientras que la región Nordland se diferenciaba de todas las demás regiones por tener sólo un 6% de casos de Alfa junto con un dominante 88% de casos representados por la variante Beta. [112]

En Portugal, la variante representó, según una encuesta nacional de secuenciación del genoma: el 16,0% de las infecciones por Covid-19 entre el 10 y el 19 de enero (semana 2), [115] seguida de un 58,2% dominante en la semana 6. [ 116 ] La prueba proxy RT-PCR basada en observaciones de SGTF y SGTL encontró la variante en una tasa del 33,5% en la semana 4, pero luego observó una desaceleración del ritmo de aumento semanal de la proporción de variantes (motivo desconocido) y, según este estudio, solo se volvió dominante en un 50,5% (91,8% de 55,0% SGTFL) en la semana 8, seguido por un 64,3% (91,8% de 70% SGTFL) en la semana 10. [75]

En Italia, la variante Alfa representó el 17,8% de los casos a nivel nacional del 4 al 5 de febrero (semana 5), ​​[117] seguida del 54,0% el 18 de febrero (semana 7). La prevalencia regional durante la semana 7 osciló entre el 0% en el Valle de Aosta (aunque sólo se analizó una muestra) y el 93,3% en Molise . En la semana 7, la variante Gamma competidora tuvo una prevalencia del 4,3% (entre el 0% y el 36,2% a nivel regional) y la variante sudafricana una prevalencia del 0,4% (entre el 0% y el 2,9% a nivel regional). [118]

En Suiza, una encuesta semanal sobre secuenciación del genoma a nivel nacional encontró que la variante Alfa creció del 0,05% (semana 51) a un dominante 58,2% de los casos en la semana 8, seguida del 71,1% en la semana 9. [76] Esto estaba totalmente de acuerdo con un modelo del 9 de febrero que había pronosticado el dominio hacia mediados de febrero. [119] En comparación, la variante Beta competidora solo se encontró en todo el país en el 1,0% de los casos positivos en la semana 9. [76]

En Bélgica, la secuenciación del genoma de muestras seleccionadas al azar después de excluir todas las muestras de pruebas dirigidas activas relacionadas con brotes locales o viajes (creando una muestra nacional estadísticamente representativa con una incautación equivalente al 4,4% de todas las pruebas positivas de COVID-19), encontró que Alfa La proporción de variantes creció del 7,1% en la semana 1 a un 51,5% dominante en la semana 7, seguido del 79,3% en la semana 10. [120] La variante se detectó por primera vez mediante secuenciación genómica dirigida en la semana 49, pero debido a una pequeña muestra (al no ser aleatorio y menos de 100 pruebas por semana), entonces no se pudieron determinar datos confiables sobre el porcentaje de variantes antes de la semana 1. [121] La prueba indirecta para la variante (RT-PCR SGTF) también se realizó para una muestra igual a 25,8% de todas las pruebas positivas de COVID-19, y encontró una tasa de SGTF dominante del 54,8% para la semana 10. En comparación, se encontró que la variante Beta competidora tenía un 3,6% y la variante Gamma tenía una prevalencia del 1,8% en la semana 10. [120]

En Francia, los científicos pronosticaron con precisión que la variante Alfa (VOC-202012/01) probablemente se volvería dominante en todo el país alrededor de la semana 8 a 11 de 2021. [122] Una encuesta nacional de muestras positivas de COVID-19 seleccionadas al azar analizadas por primera vez mediante una RT-PCR prueba de detección y posteriormente confirmada mediante secuenciación del genoma, reveló que la variante creció de una proporción del 3,3% (388/11916) del 7 al 8 de enero (semana 1) [123] al 13,3% (475/3561) el 27 de enero (semana 4), [85] seguido por el 44,3% (273/615) el 16 de febrero (semana 7). [85] En la semana 8, se descubrió que la variante tenía una participación dominante del 56,4% (758/1345) según los resultados interpretables de una encuesta semanal de secuenciación del genoma que comprendía el 0,9% de todas las pruebas positivas de COVID-19, o el 59,5% según a una encuesta RT-PCR de variante específica que prueba el 54% de todas las pruebas positivas de COVID-19. [124] En la semana 10, se descubrió que la variante tenía una participación del 71,9% según una encuesta RT-PCR específica de la variante que probó el 56,9% de todas las pruebas positivas de COVID-19. La propagación de la variante difirió regionalmente para los 96 departamentos ubicados en Francia metropolitana durante la semana 10, con 91 departamentos por encima del 50% y 5 departamentos con entre el 30% y el 50% (de los cuales el departamento de Mosela en particular se destacó por encontrar un alto 38,3). % de la variante Beta competidora, que - a pesar de haber disminuido desde un valor dominante del 54,4% en la semana 8 - todavía estaba significativamente por encima del promedio nacional del 5,0% para esta variante específica). [125]

En Austria, Agentur für Gesundheit und Ernährungssicherheit (AGES) recopiló datos de pruebas específicas de RT-PCR N501Y combinadas con análisis de secuenciación del genoma posterior y descubrió que la variante creció del 7,2 % (semana 1) a un 61,3 % dominante (semana 8). seguido por el 61,2% en la semana 9 y el 48,3% en la semana 10. Si todas las pruebas positivas de N501Y se hubieran analizado más a fondo mediante secuenciación del genoma, entonces estas acciones cotizadas podrían haber sido aún mayores; por ejemplo, podrían haber sido tan mcuh como: 2,4% más altas. para la semana 1, 23,0% más para la semana 7, 4,0% más para la semana 8, 6,8% más para la semana 9 y 25,4% más para la semana 10. La variante Beta competidora solo se encontró a nivel nacional en el 0,3% de los casos positivos en la semana 10. , y en la región Tirol , donde había sido más frecuente, su participación disminuyó del 24,5% en la semana 4 a solo el 1,9% en la semana 10. A nivel regional, se encontró que Alpha era dominante con más del 50% en 7 de 9 regiones , con las dos únicas excepciones son Tirol y Vorarlberg . [126]

En Alemania, la encuesta nacional más grande y probablemente más representativa publicada por el Instituto Robert Koch (titulada RKI-Testzahlerfassung ), determinó la proporción de variantes de COVID-19 circulantes durante la última semana analizando 53.272 muestras positivas de COVID-19, ya sea mediante secuenciación del genoma o Las pruebas proxy RT-PCR, con datos recopilados de forma voluntaria de 84 laboratorios del sector universitario/de investigación/clínico/ambulatorio, se distribuyen uniformemente en todo el país. La encuesta no utilizó ponderaciones de datos ni criterios de selección de datos para garantizar la existencia de representatividad geográfica, pero aún así podría considerarse algo representativa del promedio nacional debido a su gran tamaño de muestra. Según la encuesta del RKI-Testzahlerfassung , la variante creció de una cuota del 2,0% (semana 2) a una cuota dominante del 54,5% (semana 9), seguida de un 63,5% en la semana 10. En comparación, la variante Beta competidora sólo fue encontrado a nivel nacional en el 0,9% de los casos positivos en la semana 10. [127]

En Malta, la variante se detectó por primera vez mediante secuenciación del genoma el 30 de diciembre de 2020 [128] y representó el 8% de los casos positivos en la semana 7. [129] Se introdujo una nueva prueba específica de la variante RT-PCR para la vigilancia, [ 130] donde los primeros resultados informados el 10 de marzo revelaron que la variante representaba ahora el 61% de los casos en todo el país. [131]

En Suecia, las autoridades nacionales esperaban inicialmente que la variante se volviera dominante alrededor de la semana 12 a 14, suponiendo que la transmisibilidad aumentaría un 50% en comparación con el virus original. [132] En promedio, se encontró que la proporción de variantes crecía del 10,8% (semana 4) al 36,9% (semana 7) en cinco de sus regiones del sur ( Skåne , Västra Götaland , Västmanland , Gävleborg y Örebro ). [133] Para la semana 7, la proporción de la variante también se calculó por primera vez en 30,4% como promedio general para 19 de 21 regiones suecas (que van desde el 3,3% en Blekinge hasta el 45% en Gävleborg). Para la semana 9, la proporción de la variante se calculó en un 56,4% dominante como promedio general para las 19 regiones (que van desde el 16% en Kronoberg hasta el 72% en Gävleborg). Para la semana 10, se calculó que la proporción de la variante había aumentado aún más hasta el 71,3% como promedio general para las 19 regiones (desde el 40% en Kronoberg hasta el 84% en Jönköping ). Aunque no se aplicaron ponderaciones geográficas para garantizar la representatividad geográfica del promedio calculado para las 19 regiones, la muestra general de 12.417 pruebas variantes representó el 43,1% de todas las pruebas PCR positivas de COVID-19 para la semana 10, lo que infiere que el resultado de la encuesta podría estar cerca de representar el promedio real real para la nación en su conjunto. [86]

En el microestado Liechtenstein , el primer caso de Alfa se detectó el 19 de diciembre de 2020. Durante toda la pandemia, se detectaron 67 casos positivos por PCR para VOC-N501Y, de los cuales 58 casos de Alfa, 1 de Beta (detectado el 1 de febrero) y 8 casos de Alfa. casos identificados de N501Y (del 10 de diciembre al 22 de febrero), a partir del 18 de marzo de 2021. El promedio semanal de cada día calculó el promedio móvil de 7 días para la proporción de todos los casos de VOC-N501Y detectados (que es un buen indicador de Alpha en Liechtenstein), fue del 10,9% en la semana 5, seguido de un 52,2% dominante en la semana 9 (donde se encontró que 8 de 15 pruebas eran Alfa); y creció aún más hasta el 73,4% en la semana 10 (donde se encontró que 6 de 9 pruebas eran Alfa). [134]

En España, se estimó que la proporción de variantes a nivel nacional fue del 5% al ​​10% de los casos el 29 de enero, [135] seguida del 20% al 25% de los casos el 18 de febrero [136] [137] y del 25% al ​​30% de los casos. casos el 22 de febrero [138] y se estima que es dominante con más del 50% al 3 de marzo (semana 9). [139] A partir de la semana 10, la prevalencia de la variante osciló entre el 18,3% y el 97,0% para las 17 regiones , y todas menos dos regiones tenían una tasa dominante superior al 50%: [140]

En Polonia, una encuesta nacional entre docentes infectados llevó a los expertos a estimar que la proporción de variantes estaba entre el 5% y el 10% en todo el país al 11 de febrero, [141] mientras que el ECDC informó que era del 9% al 15 de febrero. [142] Según el ministro de Salud , Adam Niedzielski , la variante se encontró a una tasa del 5% en los primeros estudios de la segunda quincena de enero, y luego aumentó en diez puntos porcentuales cada diez días, hasta convertirse en dominante a nivel nacional por un Tasa del 52% el 16 de marzo (semana 11). [143] [144] A nivel regional, la variante ya había superado el 70% para Varmia-Masuria y Pomerania del 22 al 23 de febrero (semana 8), [145] e incluso alcanzó el 90% para el Voivodato de Gran Polonia el 17 de marzo (semana 11). ). [146]

En Finlandia, hasta febrero de 2021 no se había realizado ninguna encuesta nacional estadísticamente representativa, ya que la secuenciación del genoma nacional tenía como objetivo principal un análisis más detallado de muestras positivas de COVID-19 de viajeros y grupos de brotes locales. [147] El Hospital Universitario de Helsinky (HUS), que opera en el distrito hospitalario de Helsinki y Uusimaa , encontró la variante en el 10% de todas las muestras recolectadas al azar durante unos días antes del 14 de febrero en la región del capitolio (también conocida como circunscripción de Helsinky y Distrito electoral de Uusimaa ). Para la región del capitolio, se modeló que la variante se volvería dominante (más del 50%) en la segunda quincena de marzo (semana 11 a 13). [148]

En Islandia , las autoridades nacionales implementaron un estricto régimen de tres pruebas y cuarentena para todas las personas que ingresan al país desde el extranjero, que hasta ahora logró evitar que nuevos COV infecciosos se afianzaran en el país. Hasta el 4 de marzo, un total de 90 viajeros habían dado positivo por la variante Alfa en las fronteras de Islandia y los 20 casos nacionales adicionales estaban todos estrechamente relacionados con los casos fronterizos, sin ningún caso relacionado con la transmisión comunitaria. [149]

Difundido en América del Norte

En Estados Unidos, la variante apareció por primera vez a finales de noviembre de 2020, [150] creció desde el 1,2% a finales de enero y se volvió predominante a finales de marzo. [151] [152] La propagación de la variante se concentró principalmente en la parte superior del Medio Oeste del país, especialmente en los estados de Michigan y Minnesota , pero no logró propagarse en altas concentraciones a otras partes del país. [153]

En Canadá, la variante apareció por primera vez en Ontario a finales de diciembre de 2020. [154] El 13 de febrero, se había extendido a las diez provincias. [155] Las pruebas y la confirmación de la variante Alfa (linaje B.1.1.7) en muestras positivas de COVID-19 han sido inconsistentes en todo el país. [156] El 3 de febrero, la provincia de Alberta fue la primera en examinar todas las muestras positivas de COVID-19 para detectar variantes preocupantes. [156] [157] Hasta el 23 de marzo, la variante Alfa se había detectado en 5812 casos y era más prevalente en la provincia de Alberta . [158] En Ontario, un estudio combinado de RT-PCR (N501Y) y secuenciación del genoma encontró que todos los VOC representaban el 4,4 % de todos los positivos de COVID-19 el 20 de enero (semana 3), y que Alpha comprendía el 99 % de todos esos VOC. [159] Los laboratorios de Public Health Ontario encontraron la variante en cerca del 7% de todos los positivos de COVID-19 en la semana 5, lo que representa el 97% (309/319) de todos los COV detectados. [160] Alpha se convirtió en la variante dominante alrededor del 16 de marzo; El 53% de todos los casos positivos fueron COV y se supuso que el 97% de los COV eran Alfa. [161] En Quebec , donde la variante también estaba muy extendida, se esperaba que se volviera dominante a finales de marzo o en abril. [162]

Desarrollo

Los siguientes países adicionales no informaron porcentajes de variantes, pero es probable que tengan un porcentaje significativo presente debido al hallazgo de más de 50 casos confirmados mediante secuenciación del genoma completo al 13 de marzo de 2021: [176]

La base de datos GISAID de todos los genomas secuenciados de COVID-19 calcula para cada país durante las últimas cuatro semanas una "Frecuencia relativa del genoma variante" promedio para las muestras enviadas. Sin embargo, esas frecuencias observadas están sujetas a sesgos de muestreo y notificación, y no representan la prevalencia exacta de la proporción de variantes debido a la ausencia de representatividad estadística. [176]

Países que notifican un primer caso

diciembre 2020

Los casos de la variante comenzaron a notificarse a nivel mundial durante diciembre, notificándose en Dinamarca , [64] [177] Bélgica , [178] los Países Bajos , Australia [64] [177] e Italia . [179] Poco después, varios otros países confirmaron sus primeros casos, el primero de los cuales se encontró en Islandia y Gibraltar , [180] [181] luego Singapur , Israel e Irlanda del Norte el 23 de diciembre, [182] [183] ​​[184 ] Alemania y Suiza el 24 de diciembre, [185] [186] y la República de Irlanda y Japón confirmaron el 25 de diciembre. [187] [188]

Los primeros casos en Canadá , Francia , Líbano , España y Suecia se notificaron el 26 de diciembre. [189] [190] [191] [192] Jordania , Noruega y Portugal informaron su primer caso el 27 de diciembre, [193] [194] Finlandia y Corea del Sur informaron sus primeros casos el 28 de diciembre, [195] [196] y Chile , India , Pakistán y Emiratos Árabes Unidos notificaron sus primeros casos el 29 de diciembre. [197] [198] [199] [200] El primer caso de una nueva variante en Malta y Taiwán se informó el 30 de diciembre. [128] [201] China y Brasil informaron sus primeros casos de la nueva variante el 31 de diciembre. [202] [203] El Reino Unido y Dinamarca están secuenciando sus casos de SARS-CoV-2 a tasas considerablemente más altas que la mayoría de los demás, [204] y se consideró probable que otros países detectaran la variante más tarde. [205]

Estados Unidos reportó un caso en Colorado sin antecedentes de viaje el 29 de diciembre, la muestra se tomó el 24 de diciembre. [206] El 6 de enero de 2021, los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades de EE. UU. anunciaron que habían encontrado al menos 52 casos confirmados en California , Florida , Colorado, Georgia y Nueva York . [207] En los días siguientes, se informaron más casos de la variante en otros estados, lo que llevó al ex director de los CDC, Tom Frieden, a expresar su preocupación de que Estados Unidos pronto enfrentará "un escenario cercano al peor de los casos". [208]

enero 2021

Turquía detectó sus primeros casos en 15 personas de Inglaterra el 1 de enero de 2021. [209] El 1 de enero se informó que Dinamarca había encontrado un total de 86 casos de la variante, lo que equivale a una frecuencia general de menos del 1% de los casos secuenciados. en el periodo comprendido desde su primera detección en el país a mediados de noviembre hasta finales de diciembre; [210] [211] esto había aumentado al 1,6 % de las pruebas secuenciadas en el período comprendido entre mediados de noviembre y la segunda semana de 2021, y el 7 % de las pruebas secuenciadas solo en esta semana eran de la variante Alfa (linaje B.1.1.7) . [212] Luxemburgo y Vietnam notificaron su primer caso de esta variante el 2 de enero de 2021. [213] [214]

El 3 de enero de 2021, Grecia y Jamaica detectaron sus primeros cuatro casos de esta variante [215] [216] y Chipre anunció que había detectado Alfa (VOC 202012/01) en 12 muestras. [217] Al mismo tiempo, Nueva Zelanda y Tailandia informaron sus primeros casos de esta variante, donde el primero informó seis casos compuestos por cinco del Reino Unido y uno de Sudáfrica, [218] y el segundo informó los casos de una familia de cuatro que había llegado de Kent. [219] Georgia informó su primer caso [220] y Austria informó sus primeros cuatro casos de esta variante, junto con un caso de la variante Beta , el 4 de enero. [221]

El 5 de enero, Irán , [222] Omán , [223] y Eslovaquia informaron sus primeros casos de VOC-202012/01. [224] El 8 de enero, Rumania informó de su primer caso de la variante, una mujer adulta del condado de Giurgiu que declaró no haber abandonado el país recientemente. [225] El 9 de enero, Perú confirmó su primer caso de la variante. [226] México y Rusia informaron su primer caso de esta variante el 10 de enero, [227] luego Malasia y Letonia el 11 de enero. [228] [229]

El 12 de enero Ecuador confirmó su primer caso de esta variante. [230] Filipinas y Hungría detectaron la presencia de la variante el 13 de enero . [231] [232] Gambia registró los primeros casos de la variante el 14 de enero , siendo esta la primera confirmación de la presencia de la variante en África. [233] El 15 de enero, la República Dominicana confirmó su primer caso de la nueva variante [234] y Argentina confirmó su primer caso de la variante el 16 de enero. [235] La República Checa y Marruecos notificaron sus primeros casos el 18 de enero [236] [237] mientras que Ghana y Kuwait confirmaron sus primeros casos el 19 de enero. [238] [239] Nigeria confirmó su primer caso el 25 de enero. [240] El 28 de enero, Senegal detectó su primer caso de la variante. [241]

A principios de enero, un brote relacionado con una escuela primaria llevó a la detección de al menos 30 casos de la nueva variante en la zona de Bergschenhoek en los Países Bajos , lo que indica transmisión local. [242]

El 24 de enero, una persona que viajaba desde África a las Islas Feroe dio positivo al llegar a las islas y entró directamente en cuarentena. [243]

El 28 de enero, Macedonia del Norte confirmó que se había detectado la variante en un hombre de 46 años, que ya se había recuperado. [244]

febrero 2021

El 1 de febrero, Lituania confirmó los primeros casos del nuevo linaje. [ cita necesaria ] El 4 de febrero, las autoridades sanitarias de Uruguay anunciaron el primer caso de la variante en el país. El caso fue detectado en una persona que ingresó al país el 20 de diciembre de 2020 y desde entonces se encuentra en cuarentena. [245] El 10 de febrero, el Ministerio de Salud de Croacia confirmó que de 61 muestras secuenciadas desde el 20 de enero, la variante se detectó en 3 muestras: un hombre de 50 años y 3,5 años de Zagreb , y un hombre de 34 años. antiguo del condado de Brod-Posavina. [246] El 12 de febrero, se detectó la variante en cuatro áreas de Sri Lanka, [247] y la provincia canadiense de Terranova y Labrador confirmó un brote de la variante. [248]

marzo 2021

El 2 de marzo, Indonesia informa de sus primeros casos de la variante en dos trabajadores migrantes que regresan de Arabia Saudita. [249] El mismo día, Túnez [250] informó sus primeros casos de la variante. La presencia de la variante en Costa de Marfil fue confirmada el 25 de marzo. [251]

Mutación N501Y en otro lugar

La mutación N501Y surgió de forma independiente varias veces en diferentes lugares:

Estadísticas

Mesa

Gráficos

Casos confirmados por países

Historia

Detección

Micrografía electrónica de transmisión en falso color de la variante Alfa. Se cree que la mayor transmisibilidad de la variante se debe a cambios en la estructura de las proteínas de pico, que se muestran aquí en verde.

La variante Alfa (linaje B.1.1.7) se detectó por primera vez a principios de diciembre de 2020 mediante el análisis de datos del genoma sabiendo que las tasas de infección en Kent no estaban disminuyendo a pesar de las restricciones nacionales. [5] [260]

Los dos genomas más antiguos que pertenecen al linaje B.1.1.7 se recolectaron el 20 de septiembre de 2020 en Kent y otro el 21 de septiembre de 2020 en el Gran Londres. [19] Estas secuencias se enviaron a la base de datos de secuencias GISAID (accesos de secuencia EPI_ISL_601443 y EPI_ISL_581117, respectivamente). [261]

El rastreo hacia atrás utilizando evidencia genética sugiere que el linaje B.1.1.7 surgió en septiembre de 2020 y luego circuló en niveles muy bajos en la población hasta mediados de noviembre. El aumento de casos relacionados con la variante se hizo evidente por primera vez a finales de noviembre, cuando Public Health England (PHE) estaba investigando por qué las tasas de infección en Kent no estaban disminuyendo a pesar de las restricciones nacionales. Luego, PHE descubrió un grupo relacionado con esta variante que se estaba extendiendo rápidamente a Londres y Essex . [30]

También fue importante la naturaleza de la prueba RT-PCR utilizada predominantemente en el Reino Unido, TaqPath COVID-19 de Thermo Fisher Scientific . La prueba coincide con el ARN en tres ubicaciones y dejó de funcionar para el gen de la espiga debido a la eliminación del HV 69-70 (una eliminación de los aminoácidos histidina y valina en las posiciones 69 y 70, respectivamente [262]) en la proteína de la espiga del linaje. B.1.1.7. Esto facilitó la identificación preliminar porque se podía sospechar mejor qué casos pertenecían al linaje B.1.1.7 mediante la secuenciación del genoma. [263]

Se ha sugerido que la variante puede haberse originado en una persona inmunocomprometida con infección crónica , lo que le dio al virus mucho tiempo para replicarse y evolucionar. [264] [5] [265] [266]

Control

Ante la presencia de una variante más transmisible, se optó por medidas más estrictas de distanciamiento físico y confinamiento para evitar abrumar a la población debido a su tendencia a crecer exponencialmente. [267]

Todos los países del Reino Unido se vieron afectados por restricciones de viajes nacionales en reacción a la mayor propagación del virus, al menos en parte atribuida a Alpha, vigentes a partir del 20 de diciembre de 2020. [268] [269] Durante diciembre de 2020, un número cada vez mayor de países en todo el mundo anunciaron prohibiciones temporales o estaban considerando prohibir los viajes de pasajeros desde el Reino Unido y, en varios casos, desde otros países como los Países Bajos y Dinamarca. Algunos países prohibieron los vuelos; otros sólo permitieron la entrada a sus nacionales, sujetos a una prueba negativa de SARS-CoV-2. [270] Un portavoz de la OMS dijo que "en toda Europa, donde la transmisión es intensa y generalizada, los países necesitan redoblar sus enfoques de control y prevención". La mayoría de las prohibiciones por parte de los países de la UE fueron de 48 horas, a la espera de una reunión de respuesta política integrada a la crisis de representantes de la UE el 21 de diciembre para evaluar la amenaza de la nueva variante y coordinar una respuesta conjunta. [271] [272]

Muchos países de todo el mundo impusieron restricciones a los viajes de pasajeros desde el Reino Unido; La vecina Francia también restringió los vehículos de mercancías tripulados (imponiendo una prohibición total antes de diseñar un protocolo de prueba y permitir su paso una vez más). [273] Algunos también aplicaron restricciones a los viajes desde otros países. [274] [275] [276] [277] Al 21 de diciembre de 2020 , al menos 42 países tenían vuelos restringidos desde el Reino Unido, [270] y Japón estaba restringiendo la entrada de todos los ciudadanos extranjeros después de que se detectaran casos de la nueva variante en el país. [278]

Se ha cuestionado que la utilidad de las prohibiciones de viaje es limitada en los casos en los que la variante probablemente ya haya llegado, especialmente si la tasa de crecimiento semanal estimada del virus es mayor a nivel local. [279] [280]

Extinción

En octubre de 2021, la Dra. Jenny Harries, directora ejecutiva de la Agencia de Salud y Seguridad del Reino Unido, afirmó que las variantes circulantes anteriores, como Alpha, habían "desaparecido" y reemplazadas por la variante Delta. [281] En marzo de 2022, la Organización Mundial de la Salud enumeró las variantes Alfa, Beta y Gamma como circulantes anteriormente, citando la falta de casos detectados en las semanas y meses anteriores. [282]

Ver también

Notas

  1. ^ Escrito como VUI 202012/01 (Variante bajo investigación, año 2020, mes 12, variante 01) por GISAID [283] y el ECDC . [284]
  2. ^ PHE explica la diferencia entre los dos:

    Las variantes del SARS-CoV-2, si se considera que tienen propiedades epidemiológicas, inmunológicas o patógenas preocupantes, se plantean para una investigación formal. En este punto, se les designa Variante bajo investigación (VUI) con un año, mes y número. Después de una evaluación de riesgos con el comité de expertos correspondiente, pueden ser designados Variante de Preocupación (VOC). [18]

  3. ^ ab El gen S del SARS-CoV-2 codifica su proteína de pico. [47]
  4. ^ Un ejemplo de esto es la prueba delta (Δ) –PCR, que, en relación con el SARS-CoV-2, se ha utilizado para detectar la deleción del HV 69-70 en variantes con esta mutación [83] mediante lo que se ha denominado " falla del objetivo del gen de pico" (SGTF) o "abandono del gen de pico" [75] para el gen de pico (S) [c] en un subconjunto de ensayos de RT-PCR (p. ej., ensayo de RT-PCR TaqPath COVID-19, TermoFisher). [84] Aunque existe en algunas otras variantes del SARS-CoV-2, [75] la deleción HV 69–70 en la proteína de pico está presente en la gran mayoría de los genomas B.1.1.7, lo que permite la delta-PCR prueba que se utilizará como prueba indirecta para el linaje, o como una primera prueba de detección complementaria antes de realizar la secuenciación del genoma completo . [83] [75]
    Otro ejemplo de una prueba de RT-PCR destinada a detectar variantes específicas es la que detecta todos los genomas con la mutación N501Y (p. ej., variante Alfa, Gamma y Beta ), que ahora también se utiliza como prueba. herramienta de detección de primer paso antes de la secuenciación del genoma por parte de varios laboratorios/países (por ejemplo, en algunas partes de Francia). [85]
    Una tercera y cuarta prueba de RT-PCR destinadas a detectar variantes específicas analizan previamente las muestras en busca de variantes, respectivamente, con las mutaciones N501Y+A570D (Alfa) y N501Y sin la mutación A570D (Beta, Gamma y otras variantes N501Y). [86]
  5. ^ 104 miembros de la OMS habían informado de la detección de la variante Alfa (linaje B.1.1.7), al 23 de marzo de 2021: Albania, Angola, Argentina, Australia, Austria, Azerbaiyán, Bahrein, Bangladesh, Barbados, Bielorrusia, Bélgica, Belice , Bosnia y Herzegovina, Brasil, Brunei Darussalam, Bulgaria, Cabo Verde, Camboya, Canadá, Chile, China, Costa Rica, Croacia, Chipre, República Checa, República Democrática del Congo, Dinamarca, República Dominicana, Ecuador, Estonia, Finlandia, Francia, Gambia, Georgia, Alemania, Ghana, Grecia, Hungría, Islandia, India, Indonesia, Irán, Irak, Irlanda, Israel, Italia, Jamaica, Japón, Jordania, Kenia, Kuwait, Letonia, Líbano, Libia, Lituania, Luxemburgo, Malasia, Malta, Mauritania, Mauricio, México, Mónaco, Montenegro, Marruecos, Nepal, Países Bajos, Nueva Zelanda, Nigeria, Macedonia del Norte, Noruega, Omán, Pakistán, Perú, Filipinas, Polonia, Portugal, República de Corea (Corea del Sur), República de Moldavia, Rumania, Rusia, Ruanda, Santa Lucía, Arabia Saudita, Senegal, Serbia, Singapur, Eslovaquia, Eslovenia, Sudáfrica, España, Sri Lanka, Suecia, Suiza, Tailandia, Trinidad y Tobago, Túnez, Turquía, Ucrania, Emiratos Árabes Unidos, Reino Unido, Estados Unidos, Uruguay, Uzbekistán, Vietnam. [87]

    90 miembros de la OMS no habían informado ninguna detección de la variante Alfa (linaje B.1.1.7), al 23 de marzo de 2021: Afganistán, Argelia, Andorra, Antigua y Barbuda, Armenia, Bahamas, Benin, Bután, Bolivia, Botswana, Burkina Faso, Burundi, Camerún, República Centroafricana, Chad, Colombia, Comoras, Congo, Islas Cook, Costa de Marfil, Cuba, República Popular Democrática de Corea (Corea del Norte), Djibouti, Dominica, Egipto, El Salvador, Guinea Ecuatorial, Eritrea, Etiopía, Fiji, Gabón, Granada, Guatemala, Guinea-Bissau, Guyana, Haití, Honduras, Guinea, Kazajstán, Kiribati, Kirguistán, República Democrática Popular Lao, Lesoto, Liberia, Madagascar, Malawi, Maldivas, Malí, Islas Marshall, Micronesia, Mongolia, Mozambique, Myanmar, Namibia, Nauru, Nicaragua, Níger, Niue, Palau, Panamá, Papua Nueva Guinea, Paraguay, Qatar, Saint Kitts y Nevis, San Vicente y las Granadinas, Samoa, San Marino, Sao Tomé y Príncipe, Seychelles, Sierra Leona, Islas Salomón, Somalia, Sudán del Sur, Sudán, Surinam, Swazilandia, República Árabe Siria, Tayikistán, Timor-Leste, Togo, Tonga, Turkmenistán, Tuvalu, Uganda, República Unida de Tanzania, Vanuatu, Venezuela, Yemen, Zambia, Zimbabue. [87]
  6. ^ abcdefgh La encuesta semanal de infección del Reino Unido enumera para cada país de Gran Bretaña un conjunto de datos sin procesar y datos modelados promedio suavizados de pruebas de PCR analizadas por SGTF recopiladas en hogares privados (excluidas pruebas de hospitales, centros de atención e instituciones públicas). Los datos brutos, así como los datos de los modelos de Gales, Irlanda del Norte y Escocia, deben tratarse con cautela debido al pequeño número de muestras recopiladas, lo que genera una gran incertidumbre en los datos. [165] [166]
    • Todas las pruebas de PCR se analizaron para detectar 3 genes presentes en el coronavirus: proteína N, proteína S y ORF1ab (ver Tabla 6A en la Encuesta de Infección). En cada prueba de PCR se pueden detectar uno, dos o los tres genes. Los positivos de coronavirus son aquellos en los que se detecta uno o más de estos genes en el hisopo (aparte de las pruebas que solo dan positivo en el gen S, que no se considera un indicador confiable del virus si se encuentra por sí solo). La nueva variante B.1.1.7 de COVID-19 tiene cambios genéticos en el gen S, lo que hace que el gen S ya no se detecte en la prueba actual, lo que significa que solo será positivo en el gen ORF1ab y N. . La encuesta utiliza los términos "Nueva variante del Reino Unido compatible" para los genes positivos de la proteína ORF1ab + N, "no compatible con la nueva variante del Reino Unido" para los genes positivos de la proteína ORF1ab + N + proteína S y "virus demasiado bajo para ser identificable" para todos los demás. patrones genéticos (una definición razonable dado que todas las muestras tomadas de la primera fase de la enfermedad COVID-19 donde el virus existe en una cantidad identificable, serán positivas por "ORF1ab+N" o "ORF1ab+N+S"). Sin embargo, existe mayor incertidumbre dado que no todos los casos de SGTF "compatibles con la nueva variante del Reino Unido" (positivos en los genes ORF1ab y N, pero no en el gen S) serán la nueva variante del Reino Unido, debido a que algunas otras variantes competidoras también transmiten lo mismo. patrón de prueba; y antes de mediados de noviembre de 2020, los datos no deben interpretarse como un indicador de la variante en absoluto. [165] [166]
    • Los datos brutos del porcentaje semanal de la variante B.1.1.7 se calculan a partir de la Tabla 6A, dividiendo el porcentaje "ORF1ab+N" por la suma porcentual de "ORF1ab+N" y "ORF1ab+N+S". La Tabla 6C utilizó los datos sin procesar de la Tabla 6A como entrada para el cálculo de algunas cifras estimadas diarias modeladas (promedio suavizado y ponderado) para el porcentaje respectivo de la población que tiene coronavirus positivo ya sea por el "virus compatible con la nueva variante del Reino Unido" o por un " No es compatible con la nueva variante del virus del Reino Unido" o un "virus demasiado bajo para ser identificable" , y los datos de fechas anteriores de 2020 también están disponibles al descargar las ediciones anteriores publicadas de la Encuesta de infecciones. El valor promedio semanal modelado para la variante Alfa, indicado en esta tabla como el valor (m:%), se calcula como el promedio de los siete días enumerados en cada semana del "porcentaje compatible con la nueva variante del Reino Unido" dividido por la suma de " Porcentaje compatible con la nueva variante del Reino Unido" y "No compatible con el porcentaje de nueva variante del Reino Unido" . [165] [166]
  7. ^ abcdefghij En Austria , las acciones de la variante B.1.1.7 enumeradas representan el porcentaje de todas las pruebas positivas de COVID-19 que se confirma que son B.1.1.7 mediante la secuenciación del genoma. Sin embargo, muchas pruebas de RT-PCR positivas para N501Y no fueron determinadas variantes mediante la secuenciación del genoma, y ​​probablemente habrían arrojado un resultado positivo B.1.1.7 para la gran mayoría de dichas pruebas si se hubiera realizado el análisis de secuenciación del genoma. Si todas las pruebas positivas de N501Y se hubieran analizado más a fondo mediante secuenciación del genoma, entonces las acciones B.1.1.7 semanales cotizadas podrían haber aumentado: 9,6% para la semana 1 (2,4% más) , 23,8% para la semana 2 (6,4% más) . 19,6% para la semana 3 (4,9% más) , 28,6% para la semana 4 (6,1% más) , 37,2% para la semana 5 (8,5% más) , 45,4% para la semana 6 (21,4% más) , 58,1% para la semana 7 ( 23,0% más) , 65,3% para la semana 8 (4,0% más) , 68,0% para la semana 9 (6,8% más) y 73,7% para la semana 10 (25,4% más) . [126]
  8. ^ En Suecia, un estudio que comprendió el 11% de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 en todo el país durante la semana 4 encontró que la proporción de B.1.1.7 era del 10,8% (243/2244). Sin embargo, solo se recogieron muestras de cinco regiones del sur ( Skåne , Västra Götaland , Västmanland , Gävleborg y Örebro ), que no se consideraron estadísticamente representativas de la demografía y la geografía de Suecia en su conjunto. Las autoridades nacionales planean ampliar el estudio semanal para cubrir más regiones durante las siguientes semanas en febrero de 2021. [174] [133]
  9. ^ En Suecia, un estudio que comprendió el 16% de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 en todo el país durante la semana 5 encontró que la proporción de B.1.1.7 era del 15,1% (488/3224). Sin embargo, solo se recogieron muestras de cinco regiones del sur ( Skåne , Västra Götaland , Västmanland , Gävleborg y Örebro ), que no se consideraron estadísticamente representativas de la demografía y la geografía de Suecia en su conjunto. Las autoridades nacionales también calcularon un promedio de dos semanas (semana 5+6) para 19 de 21 regiones, y planean ampliar el estudio semanal para cubrir más regiones durante las siguientes semanas en febrero de 2021. [133]
  10. ^ En Suecia, un estudio que comprendió el 18% de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 en todo el país durante la semana 6 encontró que la proporción de B.1.1.7 era del 27,3% (1021/3742). Sin embargo, solo se recogieron muestras de cinco regiones del sur ( Skåne , Västra Götaland , Västmanland , Gävleborg y Örebro ), que no se consideraron estadísticamente representativas de la demografía y la geografía de Suecia en su conjunto. Las autoridades nacionales también calcularon un promedio de dos semanas (semana 5+6) para 19 de 21 regiones, y planean ampliar el estudio semanal para cubrir más regiones durante las siguientes semanas en febrero de 2021. [133]
  11. ^ En Suecia, un estudio que comprendió el 47,8% de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 en todo el país durante la semana 7, recopiló muestras de 19 de 21 regiones (todas excepto Gotland y Västerbotten ) y encontró la proporción de B.1.1.7. es 30,4% (3316/10910) como promedio general simple (con una posible tergiversación geográficamente sesgada en el cálculo, ya que no se utilizaron ponderaciones de datos para normalizar/corregir la participación de cada región en la muestra general). [86]
  12. ^ En Suecia, un estudio que comprendió el 42,2% de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 en todo el país durante la semana 8, recolectó muestras de 19 de 21 regiones (todas excepto Gotland y Västerbotten ) y encontró la proporción de B.1.1.7. es 41,5% (4643/11191) como promedio general simple (con una posible tergiversación geográficamente sesgada en el cálculo, ya que no se utilizaron ponderaciones de datos para normalizar/corregir la participación de cada región en la muestra general). [86]
  13. ^ En Suecia, un estudio que comprendió el 37,8% de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 en todo el país durante la semana 9, recopiló muestras de 17 de 21 regiones (todas excepto Gotland , Västerbotten , Norrbotten y Östergötland ) y encontró la B. 1.1.7 será del 56,4 % (5939/10528) como promedio general simple (con una posible tergiversación geográficamente sesgada en el cálculo, ya que no se utilizaron ponderaciones de datos para normalizar/corregir la participación de cada región en la muestra general). [86]
  14. ^ En Suecia, un estudio que comprendió el 43,1% de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 en todo el país durante la semana 10, recolectó muestras de 18 de 21 regiones (todas excepto Gotland , Västerbotten y Östergötland ) y encontró el B.1.1. 7 es del 71,3% (8850/12417) como promedio general simple (con una posible tergiversación geográficamente sesgada en el cálculo, ya que no se utilizaron ponderaciones de datos para normalizar/corregir la participación de cada región en la muestra general). [86]

Referencias

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enlaces externos

Scholia tiene un perfil para la variante Alfa del SARS-CoV-2 (Q104376647).