Hijo de músicos (tanto Enrique Barenboim como Aída Schuster, sus padres, fueron destacados pianistas), debutó en Buenos Aires a los siete años y fue posteriormente invitado por el Mozarteum de Salzburgo a continuar sus estudios en esa ciudad, en cuyo festival participó tres años después.
Realizó sus estudios primarios en el Instituto Pestalozzi de Belgrano R.[1] En 1952, la familia Barenboim se mudó a Israel.
Dos años más tarde, sus padres lo enviaron a Salzburgo para que tomara clases de dirección con Igor Markevitch.
En los años siguientes realizó regularmente conciertos en Europa, Estados Unidos, Sudamérica y el Lejano Oriente.
Dirigió regularmente en esa ciudad hasta 1999, donde hizo una lectura completa de El anillo del nibelungo y de Tristán e Isolda, con la mezzosoprano Waltraud Meier y el tenor Siegfried Jerusalem.
Es además director musical general de la Deutsche Staatsoper o Staatsoper Unter den Linden, la Ópera Estatal de Berlín conocida como Unter den Linden (Bajo los tilos) desde 1992.
[cita requerida] Iba a interpretar el primer acto de La Walkiria con tres cantantes, entre los que se encontraba el tenor español Plácido Domingo.
[9][10] Se convirtió así en el primer ciudadano del mundo con ciudadanía israelí y palestina, y dijo que la había aceptado con la esperanza de que sirviera como señal de paz entre ambos países.
En 2019, se realizó en el Centro Cultural Kirchner de Buenos Aires el Festival Barenboim, donde el músico estuvo acompañado por, entre otros, la pianista Marta Argerich.